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万見
- PDB-2owo: Last Stop on the Road to Repair: Structure of E.coli DNA Ligase B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2owo
タイトルLast Stop on the Road to Repair: Structure of E.coli DNA Ligase Bound to Nicked DNA-Adenylate
要素
  • 26-MER
  • 5'-D(*AP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*GP*AP*CP*(OMC)P*C)-3'
  • 5'-D(*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*AP*TP*G)-3'
  • DNA ligase
キーワードLIGASE/DNA / DNA / Ligase / Protein-DNA complex / LIGASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA ligase (NAD+) / DNA ligase (NAD+) activity / base-excision repair, DNA ligation / DNA ligation / NAD+ binding / DNA replication / DNA binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Laminin - #30 / Laminin / Zinc-finger, NAD-dependent DNA ligase C4-type / NAD-dependent DNA ligase C4 zinc finger domain / Dna Ligase; domain 1 - #70 / NAD-dependent DNA ligase, active site / NAD-dependent DNA ligase, conserved site / NAD-dependent DNA ligase signature 1. / NAD-dependent DNA ligase signature 2. / NAD-dependent DNA ligase ...Laminin - #30 / Laminin / Zinc-finger, NAD-dependent DNA ligase C4-type / NAD-dependent DNA ligase C4 zinc finger domain / Dna Ligase; domain 1 - #70 / NAD-dependent DNA ligase, active site / NAD-dependent DNA ligase, conserved site / NAD-dependent DNA ligase signature 1. / NAD-dependent DNA ligase signature 2. / NAD-dependent DNA ligase / NAD-dependent DNA ligase, OB-fold / NAD-dependent DNA ligase, adenylation / NAD-dependent DNA ligase, N-terminal / NAD-dependent DNA ligase adenylation domain / NAD-dependent DNA ligase OB-fold domain / Ligase N family / DisA/LigA, helix-hairpin-helix motif / Helix-hairpin-helix motif / DNA ligase/mRNA capping enzyme / Helix hairpin bin / RuvA domain 2-like / Other non-globular / Helix-hairpin-helix domain / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / breast cancer carboxy-terminal domain / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Nucleic acid-binding proteins / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Special / DNA polymerase; domain 1 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Helix Hairpins / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Shuman, S. / Nandakumar, J. / Nair, P.A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2007
タイトル: Last Stop on the Road to Repair: Structure of E. coli DNA Ligase Bound to Nicked DNA-Adenylate.
著者: Nandakumar, J. / Nair, P.A. / Shuman, S.
履歴
登録2007年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 26-MER
C: 5'-D(*AP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*GP*AP*CP*(OMC)P*C)-3'
D: 5'-D(*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*AP*TP*G)-3'
A: DNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,45710
ポリマ－89,6604
非ポリマー7976
水5,765320
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)110.441, 99.273, 86.245
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.330, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-706-

HOH

詳細Biological assembly is a monomer

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要素

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DNA鎖 , 3種, 3分子 BCD

#1: DNA鎖 26-MER


分子量: 8034.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*GP*AP*CP*(OMC)P*C)-3'


分子量: 3950.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized
#3: DNA鎖 5'-D(*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*AP*TP*G)-3'


分子量: 3975.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#4: タンパク質 DNA ligase / Polydeoxyribonucleotide synthase [NAD+]


分子量: 73699.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ligA / プラスミド: pET-LigA / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P15042, DNA ligase (NAD+)

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非ポリマー , 4種, 326分子

#5: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.28 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: EcoLigA (0.3 mM) was reacted with 5 mM MgCl2 and 0.3 mM NAD+ for 30 min at 22 C. The ligase-adenylylation reaction was then quenched by adding 10 mM EDTA. The mixture was supplemented with 26- ...詳細: EcoLigA (0.3 mM) was reacted with 5 mM MgCl2 and 0.3 mM NAD+ for 30 min at 22 C. The ligase-adenylylation reaction was then quenched by adding 10 mM EDTA. The mixture was supplemented with 26-bp nicked duplex DNA (0.318 mM). This LigA-nucleic acid solution was mixed 1:2 with a well solution containing 200 mM ammonium sulfate, 50 mM sodium acetate, 24% PEG-4000. Crystals were grown at 22 C by the sitting drop vapor diffusion method. Crystals appeared after 3 days. The crystals were transferred serially to solutions containing 5% glycerol/24% PEG-4000, 10% glycerol/26% PEG-4000, 15% glycerol/28% PEG-4000, and 20% glycerol/30% PEG-4000 in 100 mM ammonium sulfate, 50 mM sodium acetate, after which they were flash-frozen in liquid nitrogen. , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1sodium acetate11
2ammonium sulfate11
3PEG-40011
4sodium acetate12
5ammonium sulfate12
6PEG-40012

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月19日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. all: 39615 / Num. obs: 39100 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Χ2: 1.503 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.422 / Num. unique all: 3598 / Χ2: 1.103 / % possible all: 91.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQUANTUMデータ収集
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1. EfaLigA (aa 71-317 from PDB 1TA8) 2. TfiLigA (aa 433-584 and 321-391 from PDB 1V9P)

1ta8

1v9p


解像度: 2.3→30.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1955275.25 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 1959 5 %RANDOM
Rwork0.217 ---
all-39734 --
obs-39098 98.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.033 Å2 / ksol: 0.328 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 39.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.82 Å20 Å24.85 Å2
2---0.38 Å20 Å2
3---3.2 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.35 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4565 1062 44 320 5991
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.01
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.341.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.182
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.052
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.062.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 303 5.2 %
Rwork0.286 5573 -
obs-5876 88.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1dna-rna-apc_rep.paramdna-rna-apc.top
X-RAY DIFFRACTION2protein_rep-apl.paramprotein-apl.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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