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万見
- PDB-2ovv: Crystal structure of the catalytic domain of rat phosphodiesterase 10A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ovv
タイトルCrystal structure of the catalytic domain of rat phosphodiesterase 10A
要素Phosphodiesterase-10A
キーワードHYDROLASE / phosphodiesterase 10A / Zn-binding site
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP effects / G alpha (s) signalling events / extrinsic component of postsynaptic density membrane / 3',5'-cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / regulation of cAMP/PKA signal transduction / cAMP catabolic process ...cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP effects / G alpha (s) signalling events / extrinsic component of postsynaptic density membrane / 3',5'-cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / regulation of cAMP/PKA signal transduction / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / cAMP-mediated signaling / cAMP binding / perikaryon / neuronal cell body / synapse / glutamatergic synapse / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / GAF domain ...Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / GAF-like domain superfamily / HD/PDEase domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PFH / cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Pandit, J. / Marr, E.S.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2007
タイトル: Discovery of a series of 6,7-dimethoxy-4-pyrrolidylquinazoline PDE10A inhibitors
著者: Chappie, T.A. / Humphrey, J.M. / Allen, M.P. / Estep, K.G. / Fox, C.B. / Lebel, L.A. / Liras, S. / Marr, E.S. / Menniti, F.S. / Pandit, J. / Schmidt, C.J. / Tu, M. / Williams, R.D. / Yang, F.V.
履歴
登録2007年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年12月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphodiesterase-10A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2495
ポリマ－41,6621
非ポリマー5874
水3,963220
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Phosphodiesterase-10A
ヘテロ分子

A: Phosphodiesterase-10A
ヘテロ分子

A: Phosphodiesterase-10A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,74715
ポリマ－124,9853
非ポリマー1,76212
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area7640 Å2
ΔGint-225 kcal/mol
Surface area38490 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)120.657, 120.657, 83.273
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Phosphodiesterase-10A / E.C.3.1.4.17 / PDE10A2


分子量: 41661.715 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Pde10a, PDE10A / プラスミド: pVL1392
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): sf21
参照: UniProt: Q9QYJ6, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase

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非ポリマー , 5種, 224分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-PFH / 6,7-DIMETHOXY-4-[(3R)-3-(2-NAPHTHYLOXY)PYRROLIDIN-1-YL]QUINAZOLINE


分子量: 401.458 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H23N3O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.05 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→65.12 Å / Num. obs: 42604 / % possible obs: 83 % / 冗長度: 4.73 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 10.1 / Scaling rejects: 1523
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
1.68-1.741.780.3112.514478150.8915.8
1.74-1.811.980.2912.8463523430.8845.9
1.81-1.892.420.3463937238760.875.1
1.89-1.993.360.333.61644448970.9596.3
1.99-2.125.30.2874.82733551551.03100
2.12-2.285.310.2285.82677650291.0897.9
2.28-2.515.610.1558.22872851060.98100
2.51-2.885.650.11311.22940351710.97100
2.88-3.625.680.07615.32938651090.95100
3.62-65.125.610.05722.52944551030.9899.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK8.0SSIデータスケーリング
REFMAC5.1.24精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→64.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 3.805 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 2337 7.7 %RANDOM
Rwork0.174 ---
obs0.177 30424 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.454 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.76 Å2-0.38 Å20 Å2
2---0.76 Å20 Å2
3---1.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→64.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2469 0 37 220 2726
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0212577
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022294
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5341.9593494
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88135343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5645305
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2377
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022815
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02534
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.2615
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2350.22586
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.21341
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1920.2175
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0540.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1560.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2630.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2540.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8161.51521
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.54822467
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.38431056
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8574.51026
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.3 184
Rwork0.253 2068
obs-2252

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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