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- PDB-2ovc: Crystal structure of a coiled-coil tetramerization domain from Kv... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ovc
タイトルCrystal structure of a coiled-coil tetramerization domain from Kv7.4 channels
要素Potassium voltage-gated channel subfamily KQT member 4
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Voltage-gated channel / Potassium channel / Ion channel assembly / Coiled-coil / Tetramer
機能・相同性
機能・相同性情報


Voltage gated Potassium channels / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / inner ear morphogenesis / voltage-gated potassium channel activity / potassium channel activity / voltage-gated potassium channel complex / potassium ion transmembrane transport / basal plasma membrane / sensory perception of sound ...Voltage gated Potassium channels / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / inner ear morphogenesis / voltage-gated potassium channel activity / potassium channel activity / voltage-gated potassium channel complex / potassium ion transmembrane transport / basal plasma membrane / sensory perception of sound / potassium ion transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, voltage dependent, KCNQ / Potassium channel, voltage dependent, KCNQ, C-terminal / KCNQ voltage-gated potassium channel / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Potassium voltage-gated channel subfamily KQT member 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Howard, R.J. / Clark, K.A. / Holton, J.M. / Minor, D.L.
引用ジャーナル: Neuron / 年: 2007
タイトル: Structural Insight into KCNQ (Kv7) Channel Assembly and Channelopathy.
著者: Howard, R.J. / Clark, K.A. / Holton, J.M. / Minor, D.L.
履歴
登録2007年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Potassium voltage-gated channel subfamily KQT member 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,7381
ポリマ－3,7381
非ポリマー00
水32418
1
A: Potassium voltage-gated channel subfamily KQT member 4

A: Potassium voltage-gated channel subfamily KQT member 4

A: Potassium voltage-gated channel subfamily KQT member 4

A: Potassium voltage-gated channel subfamily KQT member 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9544
ポリマ－14,9544
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area6090 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area6890 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)33.185, 33.185, 55.283
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
詳細The biological assembly is a tetramer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: y, 1-x, z; 1-x, 1-y, z; and 1-y, x, z

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Potassium voltage-gated channel subfamily KQT member 4 / Voltage-gated potassium channel subunit Kv7.4 / Potassium channel subunit alpha KvLQT4 / KQT-like 4


分子量: 3738.399 Da / 分子数: 1 / 断片: coiled-coil assembly domain, residues 611-640 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCNQ4 / プラスミド: pSV272 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P56696
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.25 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 45% MPD, 0.2M ammonium acetate, 0.1M Bis-Tris, pH 5.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.3.111.116
2
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月20日 / 詳細: Double Crystal
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.116 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→28.46 Å / Num. obs: 1841 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Χ2: 0.913 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.07-2.146.10.0961940.5041100
2.14-2.2370.0911840.5161100
2.23-2.337.40.0921690.5971100
2.33-2.457.60.0751950.6681100
2.45-2.617.40.0651760.8171100
2.61-2.817.60.0641880.9611100
2.81-3.097.50.0551771.1421100
3.09-3.547.50.0561871.5151100
3.54-4.467.50.041851.0881100
4.46-507.10.0431861.225195.9

-
位相決定

Phasing MRMethod rotation: fast direct / Method translation: &STRIP%trans_method

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
DENZOデータ削減
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQUANTUMデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.07→28.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 7.183 / SU ML: 0.175 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.257 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 81 4.4 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.197 1841 99.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.128 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.24 Å20 Å20 Å2
2---0.24 Å20 Å2
3---0.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→28.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数245 0 0 18 263
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.022251
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5862.005334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.17529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg48.32825.45511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.3031557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg2.443151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.239
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02174
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.293
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.2175
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2560.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2150.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1950.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8541.5155
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5132242
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5653107
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5694.592
LS精密化 シェル解像度: 2.074→2.128 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.185 4 -
Rwork0.261 138 -
obs-142 95.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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