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万見
- PDB-2otb: Crystal structure of a monomeric cyan fluorescent protein in the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2otb
タイトルCrystal structure of a monomeric cyan fluorescent protein in the fluorescent state
要素GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / Beta can
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484
類似検索 - 構成要素
生物種Clavularia sp. (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Henderson, J.N. / Ai, H. / Campbell, R.E. / Remington, S.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Structural basis for reversible photobleaching of a green fluorescent protein homologue.
著者: Henderson, J.N. / Ai, H.W. / Campbell, R.E. / Remington, S.J.
履歴
登録2007年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年2月22日Group: Other
改定 1.42017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484
B: GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5982
ポリマ－49,5982
非ポリマー00
水7,386410
1
A: GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7991
ポリマ－24,7991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7991
ポリマ－24,7991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.016, 67.736, 95.382
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a monomer. There are two monomers in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484


分子量: 24799.186 Da / 分子数: 2
変異: H42N, L44I, S62T, Q66A, L72F, A80P, D81N, R123H, F124L, D125K, M127E, M150L, S162K, S164K, Y173H, C175V, S179T, K182R, V186A, L213V, N216S
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Clavularia sp. (無脊椎動物) / 遺伝子: cFP484 / プラスミド: pBAD/HisB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top10 / 参照: UniProt: Q9U6Y3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 410 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.88 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 31% PEG 3400, 0.2 M Lithium Sulfate, 0.1 M Sodium Acetate, 2.9 mM 1-s-nonyl-beta-D-thioglucoside, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月5日
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) liquid N2 cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 6.8 % / Av σ(I) over netI: 14.8 / 数: 273631 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Χ2: 1.05 / D res high: 1.79 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 40185 / % possible obs: 99.4
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
3.865099.910.0551.0396.7
3.063.8610010.0711.0216.9
2.673.0610010.0661.017
2.432.6799.910.0721.0196.9
2.262.4399.610.0791.0546.8
2.122.269910.0881.0776.8
2.022.1298.910.0981.0666.8
1.932.0298.910.1171.0956.8
1.851.9399.210.1411.0576.8
1.791.8598.910.1761.0566.6
反射解像度: 1.79→50 Å / Num. obs: 40185 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Χ2: 1.049 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 1.79→1.85 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.176 / Mean I/σ(I) obs: 21.1 / Num. unique all: 3953 / Χ2: 1.056 / % possible all: 98.9

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位相決定

Phasing MRRfactor: 0.669 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.245
最高解像度最低解像度
Translation4 Å15 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR2.5位相決定
TNT精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 1ZUX, chain A

1zux


解像度: 1.79→50 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 4039 -random
Rwork0.183 ---
obs0.186 40128 99 %-
all-40185 --
溶媒の処理Bsol: 150 Å2 / ksol: 0.8 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 18.622 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.14 Å20 Å20 Å2
2--0.19 Å20 Å2
3---2.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3370 0 0 410 3780
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00935171
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.34447701
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d17.9220360
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.008772
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0145265
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.4512610
X-RAY DIFFRACTIONt_it3.08934651
LS精密化 シェル解像度: 1.79→1.85 Å / Num. reflection obs: 3953

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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