+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2osr | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | NMR Structure of RRM-2 of Yeast NPL3 Protein | ||||||
要素 | Nucleolar protein 3核小体 | ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / Npl3 / RRM / SR protein (SRタンパク質) / mRNA (伝令RNA) / RNA-binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / eukaryotic initiation factor 4G binding / poly(A) binding / RNA polymerase II complex binding / translational termination / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / mRNA splicing, via spliceosome / cytoplasmic stress granule / リボソーム生合成 / negative regulation of translation ...negative regulation of termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / eukaryotic initiation factor 4G binding / poly(A) binding / RNA polymerase II complex binding / translational termination / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / mRNA splicing, via spliceosome / cytoplasmic stress granule / リボソーム生合成 / negative regulation of translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Deka, P. / Bucheli, M. / Skrisovska, L. / Allain, F.H. / Moore, C. / Buratowski, S. / Varani, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008 タイトル: Structure of the yeast SR protein Npl3 and Interaction with mRNA 3'-end processing signals. 著者: Deka, P. / Bucheli, M.E. / Moore, C. / Buratowski, S. / Varani, G. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2osr.cif.gz | 545.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2osr.ent.gz | 459.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2osr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/2osr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/2osr | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9964.140 Da / 分子数: 1 / 断片: RRM 2 domain (residues 194-280) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: NOP3, MTS1, NAB1, NPL3 / プラスミド: pET-151 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q01560 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
|
-試料調製
試料状態 | イオン強度: 20mM Potassium phosphate, 20mM potassium chloride pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
---|
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射波長 | 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
|
-解析
NMR software |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |