PDB-2orl: Solution structure of the cytochrome c- para-aminophenol adduct

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2orl

タイトル

Solution structure of the cytochrome c- para-aminophenol adduct

要素

Cytochrome c iso-1

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / protein-ligand adduct

機能・相同性

機能・相同性情報

Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Respiratory electron transport / cardiolipin binding / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / heme binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

溶液NMR / combined docking, simulated annealing with NMR restraints

データ登録者

Assfalg, M. / Bertini, I. / Del Conte, R. / Giachetti, A. / Turano, P.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Cytochrome c and organic molecules: solution structure of the p-aminophenol adduct.
著者: Assfalg, M. / Bertini, I. / Del Conte, R. / Giachetti, A. / Turano, P.

履歴

登録	2007年2月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2orl.cif.gz	871 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2orl.ent.gz	723.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2orl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/2orl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/2orl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2hv4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1cri-d 1csu-d 4mu8-1 6gd8-3 5tnw-2 5tnw-1 1chi-d 1irv-d 2lir-d 1cie-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (11) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (6) #177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (5) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (5) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (4) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (4) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (11)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (6)
#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (5)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (5)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (4)
#59 - 2004年11月
光化学系II (Photosystem II)
類似性 (4)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#232 - 2019年4月
タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Cytochrome c iso-1

ヘテロ分子

12.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	25 / 100	structure with the lowest interaction energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Cytochrome c iso-1 分子量: 12071.796 Da / 分子数: 1 / 変異: C102T / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: CYC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00044
#2: 化合物	ChemComp-HEC / HEME C 分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₄FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-4NL / 4-AMINOPHENOL / 4-アミノフェノ-ル分子量: 109.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₇NO
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 溶液NMR
NMR実験	タイプ: 3D 15N-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 2-3mM Cytochrome c U-15N, 50mM phosphate buffer, pH 7.0, 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 50 mM phosphate buffer / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	分類
TopSpin	1.x	collection
CARA		データ解析
AutoDock		構造決定
XPLOR-NIH		精密化

精密化

手法: combined docking, simulated annealing with NMR restraints
ソフトェア番号: 1
詳細: four intermolecular NOEs were used together with intra-protein NOEs and angle constraints

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structure with the lowest interaction energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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