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- PDB-2oq4: Crystal structure of the DNA repair enzyme endonuclease-VIII (Nei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oq4
タイトルCrystal structure of the DNA repair enzyme endonuclease-VIII (Nei) from E. coli (E2Q) in complex with AP-site containing DNA substrate
要素
  • 5'-D(*C*CP*AP*GP*GP*AP*(PED)P*GP*AP*AP*GP*CP*C)-3'
  • 5'-D(*G*GP*CP*TP*TP*CP*AP*TP*CP*CP*TP*GP*G)-3'
  • Endonuclease VIII
キーワードHYDROLASE/DNA / Endonuclease VIII / oxidative damage / DNA repair / base excision / covalent intermediate / reaction mechanism / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidized pyrimidine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair / damaged DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Endonuclease VIII / Nei, N-terminal / Zinc finger, DNA glycosylase/AP lyase-type / Zinc finger, FPG/IleRS-type / DNA glycosylase/AP lyase, zinc finger domain, DNA-binding site / Zinc finger found in FPG and IleRS / Zinc finger FPG-type signature. / Zinc finger FPG-type profile. / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain ...Endonuclease VIII / Nei, N-terminal / Zinc finger, DNA glycosylase/AP lyase-type / Zinc finger, FPG/IleRS-type / DNA glycosylase/AP lyase, zinc finger domain, DNA-binding site / Zinc finger found in FPG and IleRS / Zinc finger FPG-type signature. / Zinc finger FPG-type profile. / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase, catalytic domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase catalytic domain profile. / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / DNA glycosylase/AP lyase, H2TH DNA-binding / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #50 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Alpha-Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Endonuclease 8
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Golan, G. / Zharkov, D.O. / Grollman, A.P. / Shoahm, G.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Active site plasticity of endonuclease VIII: Conformational changes compensating for different substrates and mutations of critical residues
著者: Golan, G. / Zharkov, D.O. / Grollman, A.P. / Shoham, G.
履歴
登録2007年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*G*GP*CP*TP*TP*CP*AP*TP*CP*CP*TP*GP*G)-3'
D: 5'-D(*C*CP*AP*GP*GP*AP*(PED)P*GP*AP*AP*GP*CP*C)-3'
E: 5'-D(*G*GP*CP*TP*TP*CP*AP*TP*CP*CP*TP*GP*G)-3'
F: 5'-D(*C*CP*AP*GP*GP*AP*(PED)P*GP*AP*AP*GP*CP*C)-3'
A: Endonuclease VIII
B: Endonuclease VIII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,73713
ポリマ－75,2726
非ポリマー4657
水1,67593
1
C: 5'-D(*G*GP*CP*TP*TP*CP*AP*TP*CP*CP*TP*GP*G)-3'
D: 5'-D(*C*CP*AP*GP*GP*AP*(PED)P*GP*AP*AP*GP*CP*C)-3'
A: Endonuclease VIII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7985
ポリマ－37,6363
非ポリマー1612
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: 5'-D(*G*GP*CP*TP*TP*CP*AP*TP*CP*CP*TP*GP*G)-3'
F: 5'-D(*C*CP*AP*GP*GP*AP*(PED)P*GP*AP*AP*GP*CP*C)-3'
B: Endonuclease VIII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9408
ポリマ－37,6363
非ポリマー3045
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)107.130, 107.130, 164.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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DNA鎖 , 2種, 4分子 CEDF

#1: DNA鎖 5'-D(*G*GP*CP*TP*TP*CP*AP*TP*CP*CP*TP*GP*G)-3'


分子量: 3958.571 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*C*CP*AP*GP*GP*AP*(PED)P*GP*AP*AP*GP*CP*C)-3'


分子量: 3863.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#3: タンパク質 Endonuclease VIII / DNA glycosylase/AP lyase Nei / DNA-apurinic or apyrimidinic site / lyase Nei


分子量: 29814.010 Da / 分子数: 2 / Mutation: E2Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: Nei / プラスミド: PET13A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)
参照: UniProt: P50465, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase

-
非ポリマー , 4種, 100分子

#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細SEQUENCING AND CRYSTALLOGRAPHY CONFIRM THE SEQUENCE AS THR A 34, THR B 34, ARG A 112, ARG B 112.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 1.8M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate pH 4.6-5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1ammonium sulfate11
2sodium acetate11
3h2o11
4ammonium sulfate12
5sodium acetate12
6h2o12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 1.102 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.102 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→16.73 Å / Num. obs: 30010 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 48.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.338 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2EA0

2ea0


解像度: 2.6→16 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1272101.92 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: Data processing indicated that the crystal was twinned but the exact nature of the twining was not clear. Treatment of the data with the twinning utility of CNS indicated unequal (major and ...詳細: Data processing indicated that the crystal was twinned but the exact nature of the twining was not clear. Treatment of the data with the twinning utility of CNS indicated unequal (major and minor) twinning fractions, but a refinement of the initial model, ignoring the twinning and considering only the major twinning fraction, gave better structural results, with relatively reasonable final R and Rfree.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.432 2998 10 %RANDOM
Rwork0.374 ---
obs0.374 29947 99.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.8921 Å2 / ksol: 0.34846 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.17 Å20 Å20 Å2
2--7.17 Å20 Å2
3----14.34 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.75 Å0.56 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.27 Å-0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4014 850 19 93 4976
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.195
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.02
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.457 511 10.5 %
Rwork0.369 4359 -
obs--98.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna-ped.paramdna-rna-ped.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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