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- PDB-2op4: Crystal Structure of Quorum-Quenching Antibody 1G9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2op4
タイトルCrystal Structure of Quorum-Quenching Antibody 1G9
要素
  • Murine Antibody Fab RS2-1G9 IGG1 Heavy Chain
  • Murine Antibody Fab RS2-1G9 Lambda Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin / antibody / Fab / induced fit / quorum sensing / homoserine lactone
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response / blood microparticle / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Kirchdoerfer, R.N. / Debler, E.W. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structures of a Quorum-quenching Antibody.
著者: Debler, E.W. / Kaufmann, G.F. / Kirchdoerfer, R.N. / Mee, J.M. / Janda, K.D. / Wilson, I.A.
履歴
登録2007年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE THE SEQUENCES OF THE FAB COMPLEXES ARE NOT YET AVAILABLE IN ANY SEQUENCE DATABASES. THE ...SEQUENCE THE SEQUENCES OF THE FAB COMPLEXES ARE NOT YET AVAILABLE IN ANY SEQUENCE DATABASES. THE RESIDUE NUMBERING IN CHAINS L AND H FOLLOWS THE STANDARD KABAT NUMBERING SCHEME

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Murine Antibody Fab RS2-1G9 Lambda Light Chain
H: Murine Antibody Fab RS2-1G9 IGG1 Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0563
ポリマ－46,9942
非ポリマー621
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4150 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.925, 72.041, 116.143
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The entry contains the crystallographic asymmetric unit which consists of 1 biological molecule: LH.

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要素

#1: 抗体 Murine Antibody Fab RS2-1G9 Lambda Light Chain


分子量: 22911.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Purified from ascitic fluid / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Balb/c
#2: 抗体 Murine Antibody Fab RS2-1G9 IGG1 Heavy Chain


分子量: 24082.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Purified from ascitic fluid / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Balb/c / 参照: UniProt: Q5BJZ2*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% (w/v) PEG 8000, 0.1M Imidazole, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1.03317 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月13日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: single crystal Si(111) bent (horizontal focusing)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03317 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. all: 11938 / Num. obs: 11938 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 83.5 Å2 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 26.1
反射 シェル解像度: 2.85→2.924 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 782 / Rsym value: 0.534 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0017精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2NTF

2ntf


解像度: 2.85→35.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 39.254 / SU ML: 0.327 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.416 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26329 556 4.8 %RANDOM
Rwork0.19959 ---
all0.20255 11064 --
obs0.20255 11064 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.953 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.47 Å20 Å20 Å2
2--0.71 Å20 Å2
3----0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→35.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3277 0 4 0 3281
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0223372
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022187
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4881.9374614
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8373.0025354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4625426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.12624.094127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.42115506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.1961510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2528
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023741
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02669
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.2613
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2150.22187
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.20.21653
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0960.21955
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1280.297
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0410.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2420.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3020.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1880.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5271.52609
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0791.5865
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.72123475
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0631506
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5994.51139
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.924 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.575 46 -
Rwork0.329 771 -
obs--99.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3467-1.54290.13635.8577-0.49653.6793-0.0552-0.4025-0.34810.06040.08990.41870.1718-0.1849-0.0347-0.23910.01170.08060.09260.1077-0.07740.41879.99815.9355
22.51170.2710.54113.17063.1687.3684-0.07950.0457-0.13880.43070.04940.34920.6115-0.28450.0302-0.15860.0461-0.0359-0.07270.0553-0.0235-7.606210.6013-15.0959
32.722-1.72251.12062.96490.53635.58280.1576-0.1933-0.54-0.30310.04690.24980.31-0.2704-0.2045-0.0534-0.0310.0185-0.04350.1456-0.097713.0932-5.27399.3845
44.8911-2.08010.81318.11810.58855.9276-0.08190.0740.15-0.2550.48470.1204-0.04830.4336-0.4027-0.180.0341-0.05730.0896-0.1929-0.21796.637710.8423-23.071
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1LA1 - 1071 - 110
2X-RAY DIFFRACTION2LA108 - 212111 - 212
3X-RAY DIFFRACTION3HB1 - 1131 - 122
4X-RAY DIFFRACTION4HB114 - 228123 - 222

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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