PDB-2ooi: The crystal structure of gene product SA0254 from Staphylocococcu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ooi

タイトル

The crystal structure of gene product SA0254 from Staphylocococcus aureus subsp. aureus N315

要素

SA0254 protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Staphylocococcus aureus / PSI-2 / MCSG / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

transaminase activity / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Zhang, R. / Duggan, E. / Gu, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of gene product SA0254 from Staphylocococcus aureus subsp. aureus N315
著者: Zhang, R. / Duggan, E. / Gu, M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2007年1月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年2月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ooi.cif.gz	76 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ooi.ent.gz	58.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ooi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ooi_validation.pdf.gz	439.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ooi_full_validation.pdf.gz	448.3 KB	表示
XML形式データ	2ooi_validation.xml.gz	14.8 KB	表示
CIF形式データ	2ooi_validation.cif.gz	19.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/2ooi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/2ooi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1n6c-d 6dwu-11 4j2y-d 6dwu-16 3onu-2 3ewo-d 3pa1-2 3n3w-d 4pcb-2 6wgh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC23081

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SA0254 protein

B: SA0254 protein

ヘテロ分子

38.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.104, 116.104, 86.185
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

詳細

This protein existed as dimer. The deposited coords. of MolA and MolB represent the dimer in the asymmetric unit.

#1: タンパク質	SA0254 protein 分子量: 18984.523 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 73-234 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 生物種: Staphylococcus aureus / 株: N315 / 遺伝子: SA0254 / プラスミド: PDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q7A7U1, UniProt: A0A0H3JL95*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.14 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5 詳細: 2M Ammonium sulfate, 0.1M CAPS, 0.2M Lithium sulfate, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月2日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 19411 / Num. obs: 19380 / % possible obs: 99.84 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14.5 % / B_iso Wilson estimate: 50.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 28.57
反射シェル	解像度: 2.6→2.668 Å / 冗長度: 10.7 % / R_merge(I) obs: 0.568 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.61

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.6→48.17 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / SU B: 19.317 / SU ML: 0.203 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.332 / ESU R Free: 0.267
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. The N-terminal of Mol.A (residues 73-86) and Mol.B (residues 73-88) can not be refined very well due to the lack of the density of the sidechains.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27002	1038	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22361	-	-	-
obs	0.22595	19380	99.84 %	-
all	-	19380	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.097 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.08 Å²	-0.04 Å²	0 Å²
2-	-	-0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.12 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.045 Å	0.042 Å
Luzzati d res low	-	6 Å
Luzzati sigma a	0.5 Å	0.41 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→48.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2592	0	2	49	2643

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	2704
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1853
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.798	1.955	3647
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.074	3	4500
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.427	5	318
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.737	23.897	136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.206	15	480
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.496	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.116	0.2	395
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2971
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	587
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.237	0.2	580
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.205	0.2	1992
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.197	0.2	1246
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.091	0.2	1542
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.204	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.166	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.144	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.195	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.071	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.011	1.5	2040
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.119	1.5	642
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.203	2	2598
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.615	3	1310
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.411	4.5	1049
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.381	67	-
R_work	0.336	1422	-
obs	-	-	98.61 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 19.811 Å / Origin y: 44.744 Å / Origin z: 57.401 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1201 Å²	0.1106 Å²	-0.009 Å²	-	0.1793 Å²	-0.0092 Å²	-	-	-0.0402 Å²
L	1.1385 °²	-0.2523 °²	1.5851 °²	-	0.2805 °²	-0.7105 °²	-	-	3.2025 °²
S	0.083 Å °	-0.1248 Å °	-0.1777 Å °	0.0195 Å °	0.0793 Å °	0.1004 Å °	0.1184 Å °	-0.2299 Å °	-0.1623 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	73 - 91	1 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	92 - 140	20 - 68
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	141 - 180	69 - 108
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	181 - 233	109 - 161
5	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	73 - 91	1 - 19
6	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	92 - 140	20 - 68
7	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	141 - 180	69 - 108
8	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	181 - 233	109 - 161

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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