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- PDB-2ont: A swapped dimer of the HIV-1 capsid C-terminal domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ont
タイトルA swapped dimer of the HIV-1 capsid C-terminal domain
要素Capsid protein p24
キーワードVIRAL PROTEIN / HIV / capsid / GAG / domain swap
機能・相同性
機能・相同性情報


viral process / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...viral process / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / viral capsid / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, N-terminal / Retrovirus capsid C-terminal domain / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / gag protein p24 N-terminal domain / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, N-terminal / Retrovirus capsid C-terminal domain / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / gag protein p24 N-terminal domain / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Gag-Pol polyprotein / p24
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Ivanov, D. / Tsodikov, O.V. / Kasanov, J. / Ellenberger, T. / Wagner, G. / Collins, T.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Domain-swapped dimerization of the HIV-1 capsid C-terminal domain
著者: Ivanov, D. / Tsodikov, O.V. / Kasanov, J. / Ellenberger, T. / Wagner, G. / Collins, T.
履歴
登録2007年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein p24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5411
ポリマ－8,5411
非ポリマー00
水34219
1
A: Capsid protein p24

A: Capsid protein p24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0812
ポリマ－17,0812
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area3060 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area8530 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)40.129, 40.129, 105.322
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細The biological unit is a swapped dimer. The structure consists of one monomer per asymmetric unit. The second monomer to complete the dimer is obtained by applying the following crystallographic symmetry transformation matrix to the given monomer: 0.0000000 1.0000000 0.0000001 1.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000001 -1.0000000

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein p24


分子量: 8540.737 Da / 分子数: 1 / 断片: capsid C-terminal domain, residues 278-353 / 変異: deletion of Ala177 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Ala177 deleted
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (NEW YORK-5 ISOLATE) (ヒト免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus / 生物種: Human immunodeficiency virus 1 / 株: isolate NY5 group M subtype B / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pGEX2T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P12497, UniProt: Q9IVQ4*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.42 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.75
詳細: Reservoir: 0.1 M Sodium phosphate pH 6.75, 28% v/v PEG 1500, 15% v/v glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 4176 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.046
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.313 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 89.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQUANTUMデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: the structure of the wild-type CA-CTD monomer (1A8O). In the above search model, the linker region and a part of helix 2 (residues 174-188 of the capsid) were removed to avoid ...開始モデル: the structure of the wild-type CA-CTD monomer (1A8O). In the above search model, the linker region and a part of helix 2 (residues 174-188 of the capsid) were removed to avoid introducing a bias in the possible mode of dimerization

1a8o


解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 31.999 / SU ML: 0.303 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.41 / ESU R Free: 0.291 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.294 175 4.7 %RANDOM
Rwork0.243 ---
obs0.246 3715 99.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.636 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.43 Å20 Å20 Å2
2---2.43 Å20 Å2
3---4.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数561 0 0 19 580
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.022570
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7551.973773
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.981572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.00424.825
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.8641598
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.839154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.289
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02428
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2650.2274
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.2393
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2430.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2350.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3070.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6511.5375
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1522584
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0343223
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.44.5189
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.512 11 -
Rwork0.338 259 -
obs-270 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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