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- PDB-2oni: Catalytic Domain of the Human NEDD4-like E3 Ligase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oni
タイトルCatalytic Domain of the Human NEDD4-like E3 Ligase
要素E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like protein
キーワードLIGASE / ALPHA and BETA PROTEIN (a + b) / E3 LIGASE / HECT DOMAIN / UBL-CONJUGATION PATHWAY / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of caveolin-mediated endocytosis / RING-type E3 ubiquitin transferase (cysteine targeting) / negative regulation of sodium ion transmembrane transport / negative regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / negative regulation of potassium ion transmembrane transport / regulation of sodium ion transmembrane transport / negative regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / negative regulation of protein localization to cell surface / regulation of membrane repolarization ...positive regulation of caveolin-mediated endocytosis / RING-type E3 ubiquitin transferase (cysteine targeting) / negative regulation of sodium ion transmembrane transport / negative regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / negative regulation of potassium ion transmembrane transport / regulation of sodium ion transmembrane transport / negative regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / negative regulation of protein localization to cell surface / regulation of membrane repolarization / regulation of membrane depolarization / positive regulation of dendrite extension / ventricular cardiac muscle cell action potential / potassium channel inhibitor activity / HECT-type E3 ubiquitin transferase / sodium channel inhibitor activity / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / regulation of dendrite morphogenesis / protein monoubiquitination / potassium channel regulator activity / sodium channel regulator activity / protein K48-linked ubiquitination / monoatomic ion transmembrane transport / multivesicular body / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / regulation of membrane potential / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Budding and maturation of HIV virion / regulation of protein stability / Stimuli-sensing channels / positive regulation of protein catabolic process / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transmembrane transporter binding / cell differentiation / protein ubiquitination / Golgi apparatus / extracellular exosome / nucleoplasm / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hect, E3 ligase catalytic domain / Hect, E3 ligase catalytic domain / Hect, E3 ligase catalytic domains / Hect, E3 ligase catalytic domain fold / Hect, E3 ligase catalytic fold / Hect, E3 ligase catalytic domain / E3 ubiquitin-protein ligase, SMURF1 type / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) ...Hect, E3 ligase catalytic domain / Hect, E3 ligase catalytic domain / Hect, E3 ligase catalytic domains / Hect, E3 ligase catalytic domain fold / Hect, E3 ligase catalytic fold / Hect, E3 ligase catalytic domain / E3 ubiquitin-protein ligase, SMURF1 type / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / C2 domain / C2 domain profile. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / C2 domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Walker, J.R. / Avvakumov, G.V. / Xue, S. / Butler-Cole, C. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: NEDD4-like E3 Ubiquitin-protein Ligase
著者: Walker, J.R. / Avvakumov, G.V. / Xue, S. / Butler-Cole, C. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S.
履歴
登録2007年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300 BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 ... BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2712
ポリマ－47,2481
非ポリマー231
水2,144119
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like protein
ヘテロ分子

A: E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,5414
ポリマ－94,4952
非ポリマー462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/21
Buried area4430 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area34750 Å2
手法PISA
2
A: E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like protein
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)283,62312
ポリマ－283,4856
非ポリマー1386
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/21
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z+1/21
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/21
Buried area19620 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area97930 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)103.058, 103.058, 182.214
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: x,x-y,-z+1/2.

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like protein / Nedd4-2 / NEDD4.2 / NEDD4-like ubiquitin-protein ligase / neural precursor cell expressed / ...Nedd4-2 / NEDD4.2 / NEDD4-like ubiquitin-protein ligase / neural precursor cell expressed / developmentally down-regulated 4-like / ubiquitin-protein ligase NEDD4-like / developmentally down-regulated gene 4-like / ubiquitin-protein ligase Rsp5


分子量: 47247.531 Da / 分子数: 1 / 断片: Hect Domain (ubiquitin transferase) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NEDD4L, KIAA0439, NEDL3 / プラスミド: pET28a-LIC-TEV / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q96PU5, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.38 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: THE PROTEIN WAS DISSOLVED AT 10 mg/mL IN 10 mM TRIS-HCL, PH 8.0, 100 mM NaCl, 2% GLYCEROL AND 1 mM DTT. CRYSTALS WERE GROWN BY VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS BY MIXING 2 MICROL PROTEIN ...詳細: THE PROTEIN WAS DISSOLVED AT 10 mg/mL IN 10 mM TRIS-HCL, PH 8.0, 100 mM NaCl, 2% GLYCEROL AND 1 mM DTT. CRYSTALS WERE GROWN BY VAPOR DIFFUSION, HANGING DROPS BY MIXING 2 MICROL PROTEIN SOLUTION WITH 2 MICROL WELL SOLUTION (1.7 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE, PH 6.0, 1 mM DTT) AT TEMPERATURE 294.0K. FOR CRYOPROTECTION, THE CRYSTALS WERE SOAKED IN 2 M SODIUM-POTASSIUM PHOSPHATE, pH 7.0, 1 mM DTT, 25% ETHYLENE GLYCOL AND 2 mG/mL SEMETNEDD4L.574.947.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.97922 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月9日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: cryogenically-cooled Si(111) double-crystal system
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97922 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 29656 / Num. obs: 29656 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11 % / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 35.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 11.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 2878 / Rsym value: 0.84 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→28.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 11.098 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.198
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25916 1534 5.2 %RANDOM
Rwork0.20632 ---
obs0.20896 28067 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.493 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.21 Å2-0.11 Å20 Å2
2---0.21 Å20 Å2
3---0.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→28.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3121 0 1 119 3241
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0223227
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5431.9534366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2555379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.57323.895172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.58815552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9871522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2450
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022514
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.21422
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.22185
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.2149
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1890.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1280.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.98231890
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.05143049
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.77951395
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.44171317
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 102 -
Rwork0.218 1999 -
obs--99.39 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
112.41080.08682.92567.0261-0.395313.2238-0.4705-0.15070.0302-0.08220.35530.72780.1024-1.09590.1151-0.1042-0.1604-0.0348-0.1044-0.0803-0.009820.7551-1.55728.3163
210.66574.5535-2.34553.665-0.47680.6758-0.50380.267-1.4198-0.49480.2004-0.78570.78060.38760.3034-0.0388-0.00380.1693-0.0177-0.0840.031840.4319-2.856420.2299
313.8757-1.35560.70715.42265.001810.1241-0.1382-1.0408-0.5227-0.09750.6821-0.25480.58940.6845-0.5439-0.14330.03190.0060.3233-0.1578-0.068452.275112.603127.3664
45.0324-3.8128-2.24711.29995.22911.9262-0.0385-0.30310.7266-0.16910.5804-0.7227-0.8741.1894-0.5419-0.1739-0.1894-0.00790.0938-0.0580.054446.902722.457225.8022
58.2062-3.1649-2.76277.79352.00245.7063-0.7462-0.2234-0.62020.31610.7611-0.28680.53780.3296-0.0149-0.13-0.00250.06010.089-0.06180.005148.37819.333822.6907
68.6995-0.7775-1.009311.31-4.530410.3884-0.8784-0.9265-0.33831.13190.4367-0.76650.18470.4520.4417-0.0346-0.01070.01320.0144-0.0544-0.050542.867314.601833.6976
74.38691.19790.82043.05441.00554.8386-0.2013-0.16790.19280.00310.15780.1659-0.11230.13530.0435-0.1072-0.0538-0.0894-0.05950.0424-0.081527.876625.638823.9102
82.5393-0.1883-0.61273.652-1.54692.5857-0.13290.1447-0.0002-0.18440.1015-0.1559-0.0561-0.0030.0314-0.013-0.1482-0.01990.045-0.0106-0.05933.404117.9519.1085
912.3525-5.42650.23944.4625-0.53492.06960.15010.0449-0.6011-0.32460.01360.56980.0253-0.2884-0.1637-0.0755-0.1608-0.12310.05960.0378-0.086217.347914.113213.6871
1020.9688-4.92326.46111.2909-1.41714.5667-0.3216-1.5948-0.31750.15560.52120.1539-0.3043-0.8156-0.1996-0.1075-0.0502-0.0550.32340.0766-0.0385.391723.06717.6543
1121.42273.5034-5.24925.056-1.58964.8757-0.1162-0.29561.16830.2210.34680.7684-0.2018-1.018-0.2306-0.03970.0638-0.08790.17580.0164-0.09311.401931.21117.3363
128.76221.32856.50660.55452.02527.887-0.2960.05191.3156-0.0867-0.20110.0794-0.78920.03370.49710.0545-0.0011-0.129-0.05660.04280.048717.21135.45817.0517
1326.72911.5321-2.990523.536-5.4559.11390.743-0.43271.03120.2386-0.02442.0651-0.1256-1.4662-0.7186-0.00020.0327-0.14930.36940.0295-0.01911.311927.17861.975
149.9029-3.16023.53091.7936-0.17062.61050.03380.27920.0453-0.3118-0.01190.09310.0977-0.1678-0.022-0.0124-0.0829-0.11550.03410.0691-0.173117.273822.89638.6933
155.13980.96240.50469.60940.27183.7026-0.23820.4158-0.6002-0.71620.1924-0.46470.59290.03150.04580.018-0.13910.01310.0373-0.0799-0.107534.5868.734613.268
161.6705-1.2429-2.13944.25775.15467.0346-0.3384-0.0425-0.03740.02970.16150.36720.22210.36430.177-0.1155-0.093-0.0347-0.04730.0824-0.047223.838116.404235.8544
172.6872-0.0289-1.30372.1513-0.08077.039-0.05990.16370.0627-0.306-0.1270.0191-0.13830.30940.1869-0.1694-0.0312-0.02430.01770.02760.022619.019524.936144.2222
186.95-0.36741.05123.50192.53064.325-0.0872-0.31710.5741-0.0804-0.08440.5213-0.5806-0.20460.1717-0.08210.0303-0.0551-0.04890.040.120611.392332.469549.8233
194.8902-1.1394-1.28771.77921.57784.11920.19890.18450.7823-0.27960.02840.5165-0.6843-0.3794-0.2273-0.17770.0218-0.0884-0.11320.01170.059510.214531.25447.3444
207.69421.16042.37676.5202-3.572512.6968-0.070.5288-0.2594-0.157-0.01310.72060.5127-0.47520.0831-0.2628-0.0237-0.08470.0845-0.06530.16856.525819.69147.7146
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA569 - 58114 - 26
2X-RAY DIFFRACTION2AA582 - 59627 - 41
3X-RAY DIFFRACTION3AA597 - 60242 - 47
4X-RAY DIFFRACTION4AA603 - 61448 - 59
5X-RAY DIFFRACTION5AA615 - 63260 - 77
6X-RAY DIFFRACTION6AA633 - 65478 - 99
7X-RAY DIFFRACTION7AA655 - 675100 - 120
8X-RAY DIFFRACTION8AA676 - 717121 - 162
9X-RAY DIFFRACTION9AA718 - 729163 - 174
10X-RAY DIFFRACTION10AA730 - 746175 - 191
11X-RAY DIFFRACTION11AA747 - 756192 - 201
12X-RAY DIFFRACTION12AA757 - 776202 - 221
13X-RAY DIFFRACTION13AA777 - 783222 - 228
14X-RAY DIFFRACTION14AA784 - 804229 - 249
15X-RAY DIFFRACTION15AA805 - 820250 - 265
16X-RAY DIFFRACTION16AA821 - 851266 - 296
17X-RAY DIFFRACTION17AA852 - 902297 - 347
18X-RAY DIFFRACTION18AA903 - 915348 - 360
19X-RAY DIFFRACTION19AA916 - 933361 - 378
20X-RAY DIFFRACTION20AA934 - 946379 - 391

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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