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万見
- PDB-2om9: Ajulemic acid, a synthetic cannabinoid bound to PPAR gamma -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2om9
タイトルAjulemic acid, a synthetic cannabinoid bound to PPAR gamma
要素Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
キーワードTRANSCRIPTION / PPAR GAMMA / AJULEMIC ACID / CANNABINOID / PARTIAL AGONIST
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin receptor activity / : / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / arachidonate binding ...prostaglandin receptor activity / : / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / arachidonate binding / positive regulation of adiponectin secretion / DNA binding domain binding / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / lipoprotein transport / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / WW domain binding / positive regulation of fatty acid metabolic process / STAT family protein binding / response to lipid / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / LBD domain binding / negative regulation of cholesterol storage / negative regulation of SMAD protein signal transduction / lipid homeostasis / E-box binding / alpha-actinin binding / R-SMAD binding / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / monocyte differentiation / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / white fat cell differentiation / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / negative regulation of lipid storage / positive regulation of cholesterol efflux / negative regulation of BMP signaling pathway / cell fate commitment / negative regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of fat cell differentiation / negative regulation of mitochondrial fission / BMP signaling pathway / long-chain fatty acid transport / nuclear retinoid X receptor binding / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / retinoic acid receptor signaling pathway / cell maturation / negative regulation of MAPK cascade / intracellular receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / response to nutrient / epithelial cell differentiation / regulation of cellular response to insulin stimulus / peptide binding / negative regulation of miRNA transcription / negative regulation of angiogenesis / placenta development / positive regulation of apoptotic signaling pathway / Regulation of PTEN gene transcription / transcription coregulator binding / SUMOylation of intracellular receptors / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / mRNA transcription by RNA polymerase II / fatty acid metabolic process / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / PPARA activates gene expression / regulation of circadian rhythm / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / lipid metabolic process / positive regulation of miRNA transcription / regulation of blood pressure / negative regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / cellular response to insulin stimulus / rhythmic process / glucose homeostasis / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / nucleic acid binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / receptor complex / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type ...Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AJA / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Ambrosio, A.L.B. / Garratt, R.C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Ajulemic Acid, a Synthetic Nonpsychoactive Cannabinoid Acid, Bound to the Ligand Binding Domain of the Human Peroxisome Proliferator-activated Receptor gamma
著者: Ambrosio, A.L.B. / Dias, S.M.G. / Polikarpov, I. / Zurier, R.B. / Burstein, S.H. / Garratt, R.C.
履歴
登録2007年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年6月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_name_com / entity_src_gen ...entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_distant_solvent_atoms / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_name_com.name / _entity_src_gen.gene_src_common_name ..._entity_name_com.name / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _struct_ref_seq_dif.align_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
C: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
D: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,14412
ポリマ－126,9394
非ポリマー3,2048
水3,837213
1
A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5363
ポリマ－31,7351
非ポリマー8012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5363
ポリマ－31,7351
非ポリマー8012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5363
ポリマ－31,7351
非ポリマー8012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5363
ポリマ－31,7351
非ポリマー8012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.344, 78.139, 104.231
Angle α, β, γ (deg.)100.10, 106.41, 90.01
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 207 - 476 / Label seq-ID: 8 - 277

Dom-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-ID
113AA
213CC
122BB
222DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
詳細The biological assembly is a monomer.

-
要素

#1: タンパク質
Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / PPAR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 3


分子量: 31734.863 Da / 分子数: 4 / 断片: Ligand binding domain, residues 232-505 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARG, NR1C3 / プラスミド: PET28A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37231
#2: 化合物
ChemComp-AJA / (6AR,10AR)-3-(1,1-DIMETHYLHEPTYL)-1-HYDROXY-6,6-DIMETHYL-6A,7,10,10A-TETRAHYDRO-6H-BENZO[C]CHROMENE-9-CARBOXYLIC ACID / AJULEMIC ACID / CT-3 / IP-751 / 1',1'-DIMETHYLHEPTYL-DELTA8-TETRAHYDROCANNABINOL-11-OIC ACID


分子量: 400.551 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H36O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.82 %
結晶化温度: 283 K
詳細: 4M sodium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年1月16日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 42977 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(I): 1.9 / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.35 / % possible all: 90.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PRG

1prg


解像度: 2.8→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 24.149 / SU ML: 0.25 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.951 / ESU R Free: 0.368 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 2128 5.1 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.219 39850 93.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.208 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-1.29 Å20.43 Å2
2---2.21 Å20.02 Å2
3---2.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8524 0 232 213 8969
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0228912
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5862.02312052
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.51151056
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.27625.393382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.942151698
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7471532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1750.21390
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026436
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.24420
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.26271
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1360.2376
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2510.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1580.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5341.55300
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.00728592
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.22333612
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0464.53458
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1081tight positional0.020.05
2B1040tight positional0.020.05
2B1050medium positional0.070.5
1A1090loose positional0.075
1A1081tight thermal0.060.5
2B1040tight thermal0.060.5
2B1050medium thermal0.082
1A1090loose thermal0.0710
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.431 143 -
Rwork0.343 2732 -
obs--90.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9230.297-0.52030.70370.12541.09110.0023-0.0182-0.01790.08330.0013-0.1079-0.0252-0.0787-0.0036-0.043-0.0145-0.0304-0.06590.0298-0.011813.9547-20.096-36.9785
21.2770.05-0.41711.5697-0.66381.1914-0.083-0.13820.1370.12280.0489-0.0830.1015-0.18970.0341-0.0267-0.0292-0.0342-0.0071-0.055-0.1018-2.28296.993-23.5398
31.0792-0.23940.43030.70330.20740.8380.0019-0.0009-0.0059-0.0637-0.0021-0.10060.0005-0.05970.0002-0.03070.00870.0281-0.07010.0168-0.0195-17.1395-38.6444-61.8458
41.3385-0.06040.4681.5629-0.55491.1319-0.09340.1015-0.0709-0.14260.0547-0.1101-0.0938-0.14530.0387-0.02370.0130.0507-0.0295-0.0482-0.103829.034312.4034-75.255
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA207 - 4768 - 277
2X-RAY DIFFRACTION2BB207 - 4768 - 277
3X-RAY DIFFRACTION3CC207 - 4768 - 277
4X-RAY DIFFRACTION4DD207 - 4768 - 277

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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