PDB-2oka: Crystal structure of Q9HYQ7_PSEAE from Pseudomonas aeruginosa. No...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2oka

タイトル

Crystal structure of Q9HYQ7_PSEAE from Pseudomonas aeruginosa. Northeast Structural Genomics Consortium target PaR82

要素

Hypothetical protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / par82 / nesg / PSI-2 /

Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium

機能・相同性

Selenoprotein, Rdx-type / Rdx family /

Glutaredoxin /

Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Benach, J. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Chen, X.C. / Fang, Y. / Cunningham, K. / Owens, L. / Ma, L.C. / Xiao, R. / Liu, J. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Q9HYQ7_PSEAE from Pseudomonas aeruginosa
著者: Benach, J. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Chen, X.C. / Fang, Y. / Cunningham, K. / Owens, L. / Ma, L.C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.

履歴

登録	2007年1月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2oka.cif.gz	82.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2oka.ent.gz	60 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2oka.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/2oka ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/2oka	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2obkS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6lyd-d 2obk-1 4wa4-d 4o9t-2 5d1c-1 5gzk-1 5gzk-2 4qa6-2 4r27-3 5pk5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: PaR82

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hypothetical protein

B: Hypothetical protein

C: Hypothetical protein

D: Hypothetical protein

47.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.161, 81.421, 92.576
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

The AU contains one biological assembly. A tetramer

#1: タンパク質	Hypothetical protein / 分子量: 11898.535 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: PA3338 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q9HYQ7
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.61 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS
結晶化	温度: 278 K / 手法: microbatch under oil / pH: 6 詳細: 0.1M MgSO4, 0.1M MES pH 6.0, 40% PEG 400. Drop: 2 microliter protein plus 1 microliter mother liquid, mineral oil, MICROBATCH UNDER OIL, temperature 278K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97914 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月12日

放射

モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97914 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 3.7 % / Av σ(I) over netI: 14.6 / 数: 99685 / R_merge(I) obs: 0.065 / Χ²: 0.78 / D res high: 2.5 Å / D res low: 20 Å / Num. obs: 27010 / % possible obs: 99.3

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
2.5	2.59	94.2	1	0.363	0.589	2.6
2.59	2.69	99.2	1	0.311	0.601	3.5
2.69	2.81	100	1	0.267	0.555	3.9
2.81	2.96	100	1	0.179	0.551	3.9
2.96	3.15	100	1	0.112	0.594	3.9
3.15	3.39	100	1	0.081	0.637	3.9
3.39	3.73	99.4	1	0.059	0.8	3.8
3.73	4.26	100	1	0.045	0.814	3.9
4.26	5.35	100	1	0.047	1.395	3.8
5.35	20	99.9	1	0.035	1.166	3.8

反射

解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 27010 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.065 / Χ²: 0.78 / Net I/σ(I): 14.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.5-2.59	2.6	0.363	2564	0.589	94.2
2.59-2.69	3.5	0.311	2705	0.601	99.2
2.69-2.81	3.9	0.267	2702	0.555	100
2.81-2.96	3.9	0.179	2726	0.551	100
2.96-3.15	3.9	0.112	2729	0.594	100
3.15-3.39	3.9	0.081	2712	0.637	100
3.39-3.73	3.8	0.059	2701	0.8	99.4
3.73-4.26	3.9	0.045	2718	0.814	100
4.26-5.35	3.8	0.047	2735	1.395	100
5.35-20	3.8	0.035	2718	1.166	99.9

-
位相決定

Phasing MR

R_factor: 36.2 / Cor.coef. F_o:F_c: 66.46

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	10 Å
Translation	3 Å	10 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
COMO	1.2	位相決定
CNS	1.1	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
ADSC	QUANTUM	データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OBK

2obk

解像度: 2.5→20 Å / FOM work R set: 0.847 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: THE FRIEDEL PAIRS WERE USED FOR PHASING

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.252	2333	8.5 %
R_work	0.217	-	-
obs	0.217	24956	91.4 %

溶媒の処理

B_sol: 29.481 Å²

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.532 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.991 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	10.478 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.488 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2652	0	0	104	2756

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	4.795	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	4.231	2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	6.715	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	7.662	2.5

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 46

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs
2.5-2.52	0.213	17	0.23	302	319
2.52-2.54	0.184	35	0.223	389	424
2.54-2.56	0.297	59	0.27	387	446
2.56-2.58	0.279	48	0.24	390	438
2.58-2.6	0.238	45	0.289	419	464
2.6-2.62	0.229	37	0.237	425	462
2.62-2.64	0.267	75	0.226	443	518
2.64-2.66	0.325	56	0.287	378	434
2.66-2.69	0.276	39	0.238	481	520
2.69-2.71	0.269	58	0.25	479	537
2.71-2.74	0.294	37	0.295	450	487
2.74-2.76	0.402	55	0.273	445	500
2.76-2.79	0.302	49	0.293	522	571
2.79-2.82	0.384	47	0.271	454	501
2.82-2.85	0.42	58	0.253	477	535
2.85-2.88	0.243	76	0.236	466	542
2.88-2.91	0.416	52	0.298	490	542
2.91-2.95	0.288	35	0.242	479	514
2.95-2.98	0.341	69	0.245	516	585
2.98-3.02	0.292	47	0.255	499	546
3.02-3.06	0.334	40	0.235	536	576
3.06-3.1	0.317	50	0.243	510	560
3.1-3.15	0.265	60	0.255	513	573
3.15-3.19	0.308	43	0.267	506	549
3.19-3.24	0.277	69	0.276	507	576
3.24-3.3	0.213	53	0.252	509	562
3.3-3.35	0.315	52	0.217	540	592
3.35-3.41	0.254	48	0.234	531	579
3.41-3.48	0.299	57	0.238	518	575
3.48-3.55	0.285	60	0.26	528	588
3.55-3.63	0.286	55	0.208	534	589
3.63-3.71	0.174	51	0.189	491	542
3.71-3.8	0.231	37	0.193	541	578
3.8-3.91	0.221	46	0.194	554	600
3.91-4.02	0.229	48	0.205	520	568
4.02-4.15	0.163	48	0.183	551	599
4.15-4.29	0.185	60	0.183	526	586
4.29-4.47	0.187	46	0.175	556	602
4.47-4.67	0.21	53	0.146	526	579
4.67-4.91	0.229	37	0.174	553	590
4.91-5.21	0.223	51	0.201	527	578
5.21-5.6	0.293	64	0.204	530	594
5.6-6.15	0.291	47	0.238	539	586
6.15-7.01	0.269	58	0.238	514	572
7.01-8.71	0.175	49	0.186	540	589
8.71-20	0.182	57	0.194	532	589

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.par
X-RAY DIFFRACTION	2	water_rep.param

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)