PDB-2oiu: L1 Ribozyme Ligase circular adduct

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2oiu

タイトル

L1 Ribozyme Ligase circular adduct

要素

L1 Ribozyme RNA Ligase

キーワード

RNA / Ligase / ribozyme / in vitro selection / active site

機能・相同性

RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Robertson, M.P. / Scott, W.G.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2007
タイトル: The structural basis of ribozyme-catalyzed RNA assembly.
著者: Robertson, M.P. / Scott, W.G.

履歴

登録	2007年1月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 400

COMPOUND CHAIN Q APPEARS TO HAVE THE CONTACTS REQUIRED FOR CATALYTIC ACTIVITY. CHAIN P APPEARS TO ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2oiu.cif.gz	88 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2oiu.ent.gz	65.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2oiu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2oiu_validation.pdf.gz	410 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2oiu_full_validation.pdf.gz	423.1 KB	表示
XML形式データ	2oiu_validation.xml.gz	7.7 KB	表示
CIF形式データ	2oiu_validation.cif.gz	9.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/2oiu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/2oiu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	424d-d 2nc1-d 1npp-3 7d7u-d 1w5t-2 6nde-3 1w5s-1 5n2c-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
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リシン (Ricin)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

P: L1 Ribozyme RNA Ligase

Q: L1 Ribozyme RNA Ligase

ヘテロ分子

46.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

P: L1 Ribozyme RNA Ligase

登録者が定義した集合体
23 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

Q: L1 Ribozyme RNA Ligase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.290, 100.018, 71.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.42, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

There are two molecules (independent ribozymes) within a single asymmetric unit. They are in dramatically different conformations. Chain Q appears to have the contacts required for catalytic activity. Chain P appears to be in a relaxed or inactive state.

#1: RNA鎖	L1 Ribozyme RNA Ligase 分子量: 23010.779 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: T7 RNA transcription product
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 3.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.12 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1.8M lithium sulfate, 10mM magnesium sulfate, 50mM sodium cacodylate (pH 6.0), 100mM sodium chloride, 60mM magnesium chloride, 30mM tris (pH 7.6), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	lithium sulfate	1	1
2	magnesium sulfate	1	1
3	sodium cacodylate	1	1
4	sodium chloride	1	1
5	magnesium chloride	1	1
6	tris	1	1
7	lithium sulfate	1	2
8	magnesium sulfate	1	2
9	sodium cacodylate	1	2
10	sodium chloride	1	2
11	magnesium chloride	1	2
12	tris	1	2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.984 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→100 Å / Num. all: 19071 / Num. obs: 19071 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.044 / R_sym value: 0.056 / Net I/σ(I): 20.2
反射シェル	解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.467 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 2767 / R_sym value: 0.615 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0012	精密化
Blu-Ice		データ収集
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→31.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 26.55 / SU ML: 0.25 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.442 / ESU R Free: 0.273 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23776	1949	10.2 %	RANDOM
R_work	0.20291	-	-	-
obs	0.2065	17100	99.42 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 75.023 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.64 Å²	0 Å²	0.22 Å²
2-	-	0.5 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.25 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error free: 0.274 Å / Luzzati sigma a free: 0.252 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→31.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	3054	7	26	3087

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	3426
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.976	3	5340
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	710
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1492
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	1315
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.285	0.2	2131
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	103
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.155	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.144	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.12	3	4916
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.898	4.5	5340
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.414	163	-
R_work	0.419	1261	-
obs	-	1261	99.86 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1727	0.1593	-0.1917	1.0111	1.1576	2.2735	0.0513	-0.1033	0.0523	0.0362	0.1242	-0.3473	0.0552	0.6578	-0.1755	-0.1839	-0.0162	-0.1178	-0.0137	-0.0719	0.0216	-11.6988	-18.7686	-14.685
2	17.3733	0.5396	-5.6512	4.3371	3.4154	4.8229	-0.2998	-2.0486	0.1093	0.6816	0.2945	0.8794	0.1416	0.8308	0.0053	0.0527	-0.0267	0.165	0.3332	0.0807	0.9938	-34.8841	-34.3495	-0.6643
3	1.2865	-0.7932	-0.6488	1.1484	0.7212	2.7274	0.005	0.2129	0.07	0.1369	0.1008	0.2737	-0.1156	-0.7531	-0.1058	-0.1444	-0.1035	0.0577	-0.1206	0.0668	-0.1235	-16.8108	-1.7912	-42.1464
4	6.0891	-0.9332	3.8016	12.1058	0.6822	12.5043	-0.4803	0.5625	0.9037	-0.3842	0.522	-2.9718	-0.5134	2.5001	-0.0417	0.0067	-0.055	0.0864	-0.0424	-0.08	0.5646	0.3154	16.1801	-45.6234

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	P	A	1 - 18	1 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	1	P	A	42 - 71	42 - 71
3	X-RAY DIFFRACTION	2	P	A	20 - 41	20 - 41
4	X-RAY DIFFRACTION	3	Q	B	1 - 18	1 - 18
5	X-RAY DIFFRACTION	3	Q	B	42 - 71	42 - 71
6	X-RAY DIFFRACTION	4	Q	B	20 - 41	20 - 41

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