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- PDB-2oig: Crystal structure of RS21-C6 core segment and dm5CTP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oig
タイトルCrystal structure of RS21-C6 core segment and dm5CTP complex
要素RS21-C6
キーワードHYDROLASE / HELIX / PROTEIN-NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE COMPLEX / SUBSTRATE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


dCTP catabolic process / dCTP diphosphatase / dCTP diphosphatase activity / pyrimidine deoxyribonucleotide binding / nucleoside triphosphate catabolic process / pyrophosphatase activity / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / DNA protection / magnesium ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
dCTP pyrophosphatase 1 / : / MazG-like family / MazG-like / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-523 / dCTP pyrophosphatase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Wu, B. / Liu, Y. / Zhao, Q. / Liao, S. / Zhang, J. / Bartlam, M. / Chen, W. / Rao, Z.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of RS21-C6, Involved in Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolysis
著者: Wu, B. / Liu, Y. / Zhao, Q. / Liao, S. / Zhang, J. / Bartlam, M. / Chen, W. / Rao, Z.
履歴
登録2007年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年12月25日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details ...pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RS21-C6
B: RS21-C6
C: RS21-C6
D: RS21-C6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5386
ポリマ－50,5734
非ポリマー9642
水4,882271
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16350 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area17570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.188, 81.883, 87.123
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a tetramer generated from the two dimers in one asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質
RS21-C6 / RIKEN cDNA 2410015N17 gene / ES cells cDNA / RIKEN full-length enriched library / clone:2410029L09 ...RIKEN cDNA 2410015N17 gene / ES cells cDNA / RIKEN full-length enriched library / clone:2410029L09 product:RS21-C6 homolog / ES cells cDNA / RIKEN full-length enriched library / clone:2410015N17 product:hypothetical protein / full insert sequence / 18-day embryo whole body cDNA / RIKEN full-length enriched library / clone:1110012M04 product:RS21-C6 2410015N17RIK PROTEIN / RIKEN CDNA 2410015N17 GENE / full insert sequence / RSCUT


分子量: 12643.281 Da / 分子数: 4 / 断片: core segment, residues 21-126 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9QY93
#2: 化合物 ChemComp-523 / 2'-DEOXY-5-METHYLCYTIDINE 5'-(TETRAHYDROGEN TRIPHOSPHATE) / 5-METHYL-2'-DEOXY-CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 482.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H19N3O13P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.01 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M Calcium Acetate, 17% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. all: 6619 / Num. obs: 6599 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
CNS精密化
MAR345345DTBデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OIE

2oie


解像度: 3.3→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.288 -RANDOM
Rwork0.23 --
all-6648 -
obs-6325 -
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.2 Å20 Å20 Å2
2--12.6 Å20 Å2
3----6.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3235 0 58 271 3564
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2ion.param
X-RAY DIFFRACTION3water.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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