PDB-2oew: Structure of ALIX/AIP1 Bro1 Domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2oew

タイトル

Structure of ALIX/AIP1 Bro1 Domain

要素

Programmed cell death 6-interacting protein

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / Tetratricopeptide repeat / TPR

機能・相同性

機能・相同性情報

proteinase activated receptor binding / actomyosin contractile ring assembly / ubiquitin-independent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / regulation of extracellular exosome assembly / extracellular exosome biogenesis / viral budding / maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / positive regulation of extracellular exosome assembly / regulation of membrane permeability / regulation of centrosome duplication ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Fisher, R.D. / Zhai, Q. / Robinson, H. / Hill, C.P.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2007
タイトル: Structural and Biochemical Studies of ALIX/AIP1 and Its Role in Retrovirus Budding
著者: Fisher, R.D. / Chung, H.Y. / Zhai, Q. / Robinson, H. / Sundquist, W.I. / Hill, C.P.

履歴

登録	2007年1月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2oew.cif.gz	158.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2oew.ent.gz	125.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2oew.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2oew_validation.pdf.gz	428.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2oew_full_validation.pdf.gz	436 KB	表示
XML形式データ	2oew_validation.xml.gz	15.9 KB	表示
CIF形式データ	2oew_validation.cif.gz	21.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/2oew ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/2oew	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2oevC 2oexC 1zb1S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5wa1-d 5v3r-d 3c3r-d 5nkq-2 5nkq-1 5mk1-3 5mjz-1 1zsh-d 5mk1-1 3c3q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Programmed cell death 6-interacting protein

42.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.678, 63.243, 76.384
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 122.15, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Programmed cell death 6-interacting protein / PDCD6-interacting protein / ALG-2-interacting protein 1 / Hp95 分子量: 42735.789 Da / 分子数: 1 / 断片: Bro1 Domain, residues 1-359 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDCD6IP, AIP1, ALIX, KIAA1375 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Codon + (RIL) / 参照: UniProt: Q8WUM4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Programmed cell death 6-interacting protein / PDCD6-interacting protein / ALG-2-interacting protein 1 / Hp95

分子量: 42735.789 Da / 分子数: 1 / 断片: Bro1 Domain, residues 1-359 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDCD6IP, AIP1, ALIX, KIAA1375 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Codon + (RIL) / 参照: UniProt: Q8WUM4

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.38 %
結晶化	温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 10% PEG 20000, 0.1M NaMES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 286K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年10月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→30 Å / Num. all: 16063 / Num. obs: 15487 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 19.6
反射シェル	解像度: 2.55→2.64 Å / R_merge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 79.3

-
位相決定

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.6 Å	29.99 Å
Translation	2.6 Å	29.99 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.3.0008	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
CrystalClear	(MSC/RIGAKU)	データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZB1

1zb1

解像度: 2.55→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 19.14 / SU ML: 0.217 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.533 / ESU R Free: 0.32 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27386	783	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20827	-	-	-
obs	0.21167	14704	96.43 %	-
all	-	16079	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.059 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.28 Å²	0 Å²	1.05 Å²
2-	-	3.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2828	0	0	82	2910

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	2884
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.544	1.969	3896
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.901	5	363
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.844	25.267	131
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.348	15	528
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.113	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	438
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2155
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	1361
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.312	0.2	1961
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	102
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.141	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.198	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.755	1.5	1846
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.253	2	2887
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.78	3	1159
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.82	4.5	1006
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.549→2.615 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.323	48	-
R_work	0.289	859	-
obs	-	-	77.46 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	19.6737	6.7744	-4.3723	2.5736	-1.7487	3.6439	-0.4958	0.0794	-0.8158	0.0107	0.0269	-0.0986	0.5955	-0.2716	0.4689	0.265	-0.1018	0.0256	0.1851	-0.0671	0.241	14.6001	20.3462	24.5862
2	27.1824	4.048	-2.7682	0.6132	-0.517	1.3431	1.0747	0.3194	0.8322	0.5251	-0.7371	1.8113	-2.2744	-1.2451	-0.3376	0.5369	-0.0038	-0.0004	0.5362	0.0015	0.5372	-15.9165	28.4233	22.1912
3	15.9299	2.9643	-2.9387	5.0716	-2.7557	4.4404	-0.6135	0.9044	-0.4868	-0.5573	0.36	-0.0094	0.9035	-0.3771	0.2535	0.1315	-0.1489	-0.0097	0.243	-0.1607	0.1267	5.1737	22.0315	17.7907
4	7.5555	8.359	-1.5774	19.4043	-12.1111	10.9093	0.3888	-1.0288	1.9688	3.4554	-0.0763	1.3447	-1.5783	-1.5994	-0.3125	0.4853	-0.0013	-0.0061	0.4851	0.0014	0.4884	-5.5243	35.7201	28.6481
5	4.3429	2.0082	-6.1562	7.6627	-1.4139	9.0316	0.3718	-1.8647	-0.9481	0.7099	-0.6731	-0.1941	0.4926	0.2683	0.3013	0.2126	-0.2208	0.006	0.4412	0.0313	0.1758	11.0618	21.0305	36.1779
6	6.8241	2.6474	-6.4688	1.027	-2.5096	6.132	0.6165	-1.0914	-1.0838	-0.4036	-1.1042	0.4006	1.4007	0.4923	0.4876	0.4008	-0.0522	0.0323	0.4005	-0.0308	0.395	7.1306	24.6946	37.3303
7	6.4598	0.0459	-3.1552	2.4346	0.106	3.7577	-0.3217	0.8026	-0.104	-0.3065	0.0146	0.0379	0.2423	-0.4192	0.3071	0.1897	-0.1091	-0.0576	0.2662	-0.0854	0.1617	18.4217	25.3011	15.1381
8	4.7553	0.1426	-1.052	3.6331	-0.7601	4.8106	0.0658	0.1759	0.6554	0.1053	0.0189	0.1237	-0.5236	-0.2586	-0.0847	0.1154	-0.0395	-0.0407	0.1818	-0.0652	0.2371	17.973	34.4269	21.4649
9	5.5339	1.2466	-1.9607	1.7111	-0.3847	3.9475	-0.0225	0.0919	0.2889	0.0225	-0.0383	0.2108	-0.0865	-0.1086	0.0608	0.2394	-0.0226	-0.0498	0.1991	-0.0138	0.2316	27.7865	33.4903	20.2404
10	2.696	-0.4689	-2.7313	0.6036	1.9568	6.973	-0.114	-0.5279	-0.2488	0.2699	-0.2451	-0.0095	0.3917	-0.3765	0.3591	0.1732	-0.0446	-0.0046	0.2189	0.0422	0.1641	31.6007	26.067	31.3345
11	2.8851	0.5029	-1.7214	1.7892	-1.0628	1.5696	-0.0389	0.0298	-0.0001	-0.0535	-0.0092	0.0082	0.0848	0.0328	0.0481	0.1872	-0.0236	-0.0235	0.2339	-0.0194	0.1182	49.1872	32.222	13.8129
12	6.2733	0.558	-2.1341	0.7677	-0.3947	1.3979	0.0143	0.4159	0.1126	-0.0728	-0.0152	0.1339	0.098	-0.1181	0.0008	0.1825	-0.0508	-0.0577	0.1417	-0.0447	0.0678	37.6024	31.772	13.4729

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1 - 17	22 - 38
2	2	18 - 45	39 - 66
3	3	46 - 74	67 - 95
4	4	75 - 89	96 - 110
5	5	90 - 105	111 - 126
6	6	106 - 116	127 - 137
7	7	117 - 152	138 - 173
8	8	153 - 165	174 - 186
9	9	166 - 230	187 - 251
10	10	231 - 247	252 - 268
11	11	248 - 290	269 - 311
12	12	291 - 358	312 - 379

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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