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- PDB-2oe9: High-pressure structure of pseudo-WT T4 Lysozyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oe9
タイトルHigh-pressure structure of pseudo-WT T4 Lysozyme
要素Lysozyme
キーワードHYDROLASE / High-pressure / T4 Lysozyme
機能・相同性
機能・相同性情報


viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Endolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 同系置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Collins, M.D. / Quillin, M.L. / Matthews, B.W. / Gruner, S.M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural Rigidity of a Large Cavity-containing Protein Revealed by High-pressure Crystallography.
著者: Collins, M.D. / Quillin, M.L. / Hummer, G. / Matthews, B.W. / Gruner, S.M.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: Cooperative water filling of a nonpolar protein cavity observed by high-pressure crystallography and simulation
著者: Collins, M.D. / Quillin, M.L. / Hummer, G. / Matthews, B.M. / Gruner, S.M.
履歴
登録2006年12月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8565
ポリマ－18,6281
非ポリマー2274
水4,143230
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.554, 60.554, 95.567
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11X-1108-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Lysozyme / Lysis protein / Muramidase / Endolysin


分子量: 18628.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: E / プラスミド: M13 2 / 属 (発現宿主): T4-like viruses
生物種 (発現宿主): Enterobacteria phage T4 sensu lato
発現宿主: Enterobacteria phage T4 (ファージ) / 参照: UniProt: P00720, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: ~2.0 M NA/K PHOSPHATES, 50 MM BETA-MERCAPTOETHANOL, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9174
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月15日
放射モノクロメーター: Si xtal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9174 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→60 Å / Num. obs: 12985 / % possible obs: 90.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Χ2: 2.017 / Net I/σ(I): 23.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2-2.072.70.145361.7838.2
2.07-2.155.10.10613931.6797.9
2.15-2.255.90.09413971.85199.6
2.25-2.374.50.07911591.82682.5
2.37-2.5270.0714181.88399.6
2.52-2.717.10.06314031.934100
2.71-2.997.10.05614342.136100
2.99-3.426.90.05114422.3299.8
3.42-4.316.50.04614082.35297
4.31-6060.04113951.96889.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQUANTUMデータ収集
精密化構造決定の手法: 同系置換
開始モデル: pdb entry 1L63

1l63


解像度: 2.01→52.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 3.155 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 650 5 %RANDOM
Rwork0.16 ---
obs0.163 12944 93.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.995 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→52.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1292 0 10 230 1532
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0221318
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3081.9551771
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8625161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.2323.38762
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.23815245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.931513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2197
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02976
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.2650
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.2921
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1720.2160
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1960.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.20.233
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0821.5834
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5721284
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9673562
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7334.5487
LS精密化 シェル解像度: 2.01→2.067 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 29 -
Rwork0.182 502 -
obs-531 53.42 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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