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- PDB-2odi: Restriction Endonuclease BCNI-Cognate DNA Substrate Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2odi
タイトルRestriction Endonuclease BCNI-Cognate DNA Substrate Complex
要素
  • 5'-D(*AP*AP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*AP*C)-3'
  • 5'-D(*CP*TP*CP*CP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*T)-3'
  • R.BcnI
キーワードHydrolase/DNA / ENDONUCLEASE-DNA COMPLEX / RESTRICTION ENZYME / BCNI / Hydrolase-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


MvaI/BcnI restriction endonuclease, catalytic domain / MvaI/BcnI restriction endonuclease, recognition domain / MvaI/BcnI restriction endonuclease, catalytic domain / MvaI/BcnI restriction endonuclease / MvaI/BcnI restriction endonuclease, recognition domain / MvaI/BcnI restriction endonuclease family / PvuII Endonuclease; Chain A / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / R.BcnI
類似検索 - 構成要素
生物種Brevibacillus centrosporus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Sokolowska, M. / Kaus-Drobek, M. / Czapinska, H. / Tamulaitis, G. / Szczepanowski, R.H. / Urbanke, C. / Siksnys, V. / Bochtler, M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / : 2007
タイトル: Monomeric restriction endonuclease BcnI in the apo form and in an asymmetric complex with target DNA.
著者: Sokolowska, M. / Kaus-Drobek, M. / Czapinska, H. / Tamulaitis, G. / Szczepanowski, R.H. / Urbanke, C. / Siksnys, V. / Bochtler, M.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural and Mechanistic Similarities between Restriction Endonucleases BcnI and MvaI and the DNA Repair Protein MutH.
著者: Sokolowska, M. / Kaus-Drobek, M. / Czapinska, H. / Tamulaitis, G. / Siksnys, V. / Bochtler, M.
履歴
登録2006年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.42023年12月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*AP*AP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*AP*C)-3'
D: 5'-D(*CP*TP*CP*CP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*T)-3'
E: 5'-D(*AP*AP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*AP*C)-3'
F: 5'-D(*CP*TP*CP*CP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*T)-3'
A: R.BcnI
B: R.BcnI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,84011
ポリマ-68,6496
非ポリマー1915
11,710650
1
C: 5'-D(*AP*AP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*AP*C)-3'
D: 5'-D(*CP*TP*CP*CP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*T)-3'
A: R.BcnI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4406
ポリマ-34,3243
非ポリマー1163
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
E: 5'-D(*AP*AP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*AP*C)-3'
F: 5'-D(*CP*TP*CP*CP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*T)-3'
B: R.BcnI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4005
ポリマ-34,3243
非ポリマー762
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.553, 87.870, 79.391
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-854-

HOH

-
要素

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 CEDF

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*AP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*AP*C)-3'


分子量: 3352.214 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*CP*CP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*T)-3'


分子量: 3356.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#3: タンパク質 R.BcnI


分子量: 27615.951 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brevibacillus centrosporus (バクテリア)
遺伝子: bcnIR / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8RNV8

-
非ポリマー , 3種, 655分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : Ca
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 650 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.12 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.02 M calcium chloride dihydrate, 0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.6 and 30% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1calcium chloride dihydrate11
2sodium acetate trihydrate11
32-methyl-2,4-pentanediol11
4H2O11
5calcium chloride dihydrate12
6sodium acetate trihydrate12
72-methyl-2,4-pentanediol12

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 0.97955 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月4日 / 詳細: BENT MIRROR
放射モノクロメーター: TRIANGULAR MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97955 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→30 Å / Num. all: 99034 / Num. obs: 99034 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 12.6 Å2 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 1.45→1.53 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 14110 / Rsym value: 0.25 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXD位相決定
SHARP位相決定
NCSREFモデル構築
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345CCDデータ収集
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHELXEモデル構築
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.45→28.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 2.063 / SU ML: 0.042 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: TLS REFINEMENT HAVE BEEN USED. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.199 4977 5 %RANDOM
Rwork0.174 ---
all0.175 98979 --
obs0.175 98979 97.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.875 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å20 Å20 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3----0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→28.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3844 890 5 650 5389
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0225115
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1922.1977092
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3595514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.59624.624186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.93715822
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2981525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2791
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023523
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.22221
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.23383
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1260.2585
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.140.213
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1930.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1570.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9711.52581
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.03424073
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.62833169
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2224.53019
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.257 370
Rwork0.204 6749
obs-6749
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.76990.0981-0.16271.268-0.13160.42380.03040.01140.01370.0318-0.00650.0381-0.0585-0.0279-0.0239-0.04120.0028-0.002-0.01530.001-0.010348.71826.39747.642
20.4282-0.04920.01850.49590.04320.4208-0.0266-0.04710.0040.0001-0.0014-0.0780.00120.10.028-0.0425-0.0012-0.00550.01720.007-0.010269.92513.85949.636
31.0791-0.3296-0.22011.080.220.3964-0.0069-0.08520.05680.05290.03460.0396-0.0459-0.0272-0.0277-0.03440.0117-0.0031-0.0158-0.002-0.022349.36225.77989.547
40.77690.01670.12030.59880.04280.324-0.0256-0.07910.00050.00460.012-0.09450.00240.05650.0135-0.03770.0012-0.0002-0.0057-0.0038-0.006170.46213.6688.97
51.10370.07020.20110.6757-0.08760.74860.01030.0354-0.0117-0.03990.0610.01110.0390.0182-0.0713-0.03780.0070.0028-0.0133-0.0078-0.023859.57712.11846.629
60.8846-0.15110.38230.5581-0.26451.15460.0135-0.0025-0.0544-0.01480.05420.0115-0.0011-0.0037-0.0677-0.03430.00630.0049-0.0308-0.0013-0.013959.88611.95286.812
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AE1 - 691 - 69
2X-RAY DIFFRACTION1AE156 - 182156 - 182
3X-RAY DIFFRACTION1AE233 - 238233 - 238
4X-RAY DIFFRACTION2AE70 - 15570 - 155
5X-RAY DIFFRACTION2AE183 - 232183 - 232
6X-RAY DIFFRACTION3BF1 - 691 - 69
7X-RAY DIFFRACTION3BF156 - 182156 - 182
8X-RAY DIFFRACTION3BF233 - 238233 - 238
9X-RAY DIFFRACTION4BF70 - 15570 - 155
10X-RAY DIFFRACTION4BF183 - 232183 - 232
11X-RAY DIFFRACTION5CA-4 - 61 - 11
12X-RAY DIFFRACTION5DB-4 - 61 - 11
13X-RAY DIFFRACTION6EC-4 - 61 - 11
14X-RAY DIFFRACTION6FD-4 - 61 - 11

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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