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万見
- PDB-2odh: Restriction Endonuclease BCNI in the Absence of DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2odh
タイトルRestriction Endonuclease BCNI in the Absence of DNA
要素R.BcnI
キーワードHYDROLASE / MONOMERIC ENDONUCLEASE / RESTRICTION ENZYME / BCNI
機能・相同性
機能・相同性情報


MvaI/BcnI restriction endonuclease, catalytic domain / MvaI/BcnI restriction endonuclease, recognition domain / MvaI/BcnI restriction endonuclease, catalytic domain / MvaI/BcnI restriction endonuclease / MvaI/BcnI restriction endonuclease, recognition domain / MvaI/BcnI restriction endonuclease family / PvuII Endonuclease; Chain A / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / R.BcnI
類似検索 - 構成要素
生物種Brevibacillus centrosporus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Sokolowska, M. / Kaus-Drobek, M. / Czapinska, H. / Tamulaitis, G. / Szczepanowski, R.H. / Urbanke, K. / Siksnys, V. / Bochtler, M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Monomeric restriction endonuclease BcnI in the apo form and in an asymmetric complex with target DNA.
著者: Sokolowska, M. / Kaus-Drobek, M. / Czapinska, H. / Tamulaitis, G. / Szczepanowski, R.H. / Urbanke, C. / Siksnys, V. / Bochtler, M.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural and Mechanistic Similarities between Restriction Endonucleases BcnI and MvaI and the DNA Repair Protein MutH.
著者: Sokolowska, M. / Kaus-Drobek, M. / Czapinska, H. / Tamulaitis, G. / Siksnys, V. / Bochtler, M.
履歴
登録2006年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.42018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.52023年12月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: R.BcnI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5003
ポリマ－27,3351
非ポリマー1652
水3,693205
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.176, 68.176, 127.207
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 R.BcnI


分子量: 27334.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brevibacillus centrosporus (バクテリア)
遺伝子: bcnIR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2267 / 参照: UniProt: Q8RNV8
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.49 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.17 M ammonium acetate, 0.085 M tri-sodium citrate pH 5.6, 25.5% PEG 4000, 15% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月20日 / 詳細: BENT MIRROR
放射モノクロメーター: TRIANGULAR MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. all: 40038 / Num. obs: 40038 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 26.3 Å2 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 4
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 5737 / Rsym value: 0.25 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXD位相決定
SHARP位相決定
NCSREFモデル構築
REFMAC5.1.24精密化
MAR345CCDデータ収集
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→29.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 1.56 / SU ML: 0.056 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: TLS REFINEMENT USED. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 2018 5.1 %RANDOM
Rwork0.203 ---
all0.204 39959 --
obs0.204 39959 99.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.393 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.32 Å20 Å20 Å2
2---0.32 Å20 Å2
3---0.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→29.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1884 0 11 205 2100
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0211960
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.021802
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3421.9662646
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.78534199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7395243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2295
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022183
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0110.02388
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.2375
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2520.22090
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.21170
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1790.2157
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1390.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2750.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1910.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8591.51194
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5421930
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1093766
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3434.5716
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.214 166
Rwork0.21 2729
obs-2729
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8112-0.12090.34040.5791-0.18960.9584-0.06010.07270.11420.01560.01010.016-0.0506-0.05560.050.1007-0.0158-0.02910.14740.04250.08182.18117.74354.949
21.4223-0.98570.58282.7276-2.12432.1412-0.03280.46130.2614-0.0659-0.2062-0.26590.01660.12240.2390.0377-0.0139-0.02480.26560.12750.079.84825.14534.282
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 691 - 69
2X-RAY DIFFRACTION1AA156 - 182156 - 182
3X-RAY DIFFRACTION1AA233 - 238233 - 238
4X-RAY DIFFRACTION2AA70 - 15570 - 155
5X-RAY DIFFRACTION2AA183 - 232183 - 232

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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