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- PDB-2oa5: Crystal structure of ORF52 from Murid herpesvirus (MUHV-4) (Murin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oa5
タイトルCrystal structure of ORF52 from Murid herpesvirus (MUHV-4) (Murine gammaherpesvirus 68) at 2.1 A resolution. Northeast Structural Genomics Consortium target MHR28B.
要素Hypothetical protein BQLF2
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / MhR28B / NESG / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性Herpesvirus BLRF2 / Herpesvirus BLRF2 protein / YejL-like / YejL-like / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / 52 protein
機能・相同性情報
生物種Murid herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Benach, J. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Janjua, H. / Xiao, R. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Ho, C.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. ...Benach, J. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Janjua, H. / Xiao, R. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Ho, C.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Structural and functional studies of the abundant tegument protein ORF52 from murine gammaherpesvirus 68.
著者: Benach, J. / Wang, L. / Chen, Y. / Ho, C.K. / Lee, S. / Seetharaman, J. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Deng, H. / Sun, R. / Tong, L.
履歴
登録2006年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年9月17日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein BQLF2
B: Hypothetical protein BQLF2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8334
ポリマ－25,0362
非ポリマー7972
水3,567198
1
A: Hypothetical protein BQLF2
B: Hypothetical protein BQLF2
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein BQLF2
B: Hypothetical protein BQLF2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6658
ポリマ－50,0714
非ポリマー1,5944
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area17470 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area17890 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)93.462, 49.393, 56.379
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.88, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細AU contains the biological assembly (dimer). A tetramer might be another viable biological assembly. Static light scattering shows a tetramer.

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein BQLF2 / Hypothetical protein GAMMAHV.ORF52 / 52


分子量: 12517.789 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-102 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Murid herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
属: Rhadinovirus / 株: WUMS / 遺伝子: BQLF2, 52, GAMMAHV.ORF52 / プラスミド: pet21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)MAGIC / 参照: UniProt: P88989
#2: 化合物 ChemComp-PE5 / 3,6,9,12,15,18,21,24-OCTAOXAHEXACOSAN-1-OL / 2-(2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / オクタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 398.489 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O9 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 80% PEG 400, 100MM MOPS, 100MM NANO3, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97903
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月9日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97903 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 7.1 % / Av σ(I) over netI: 18.8 / 数: 97958 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 1.95 / D res high: 2.1 Å / D res low: 20 Å / Num. obs: 13827 / % possible obs: 98.4
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.512099.910.0513.0666.6
3.594.5110010.0492.8477.2
3.133.5910010.0622.7057.4
2.853.1310010.082.3327.5
2.642.8510010.1091.9117.6
2.492.6410010.1221.5477.6
2.362.4910010.1541.2617.6
2.262.3610010.2141.1087.5
2.172.2696.910.3171.3126.2
2.12.1786.710.3531.0025.2
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 13827 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.1-2.175.20.353186.7
2.17-2.266.20.317196.9
2.26-2.367.50.2141100
2.36-2.497.60.1541100
2.49-2.647.60.1221100
2.64-2.857.60.1091100
2.85-3.137.50.081100
3.13-3.597.40.0621100
3.59-4.517.20.0491100
4.51-206.60.051199.9

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位相決定

Phasing MRRfactor: 39 / Cor.coef. Fo:Fc: 71.45 /
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å20 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
COMO1.2位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→20 Å / σ(F): 752 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 1295 9.2 %
Rwork0.215 --
obs0.215 12751 90.6 %
溶媒の処理Bsol: 73.98 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 50.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.606 Å20 Å21.1655 Å2
2---13.391 Å20 Å2
3---4.785 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1470 0 54 198 1722
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.13 Å / Total num. of bins used: 25 /
Rfactor反射数
Rfree0.2664 35
Rwork0.2376 276
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PAR
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3PE5.PAR

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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