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- PDB-2o9g: Crystal Structure of AqpZ mutant L170C complexed with mercury. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o9g
タイトルCrystal Structure of AqpZ mutant L170C complexed with mercury.
要素Aquaporin Z
キーワードMEMBRANE PROTEIN / aquaporin / integral membrane protein / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Center for Structures of Membrane Proteins / CSMP
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular water homeostasis / water transport / water channel activity / response to osmotic stress / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Aquaporin Z / Glycerol uptake facilitator protein / Glycerol uptake facilitator protein. / Aquaporin transporter / Major intrinsic protein, conserved site / MIP family signature. / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Savage, D.F. / Stroud, R.M. / Center for Structures of Membrane Proteins (CSMP)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural basis of aquaporin inhibition by mercury.
著者: Savage, D.F. / Stroud, R.M.
履歴
登録2006年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42021年10月20日Group: Advisory / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aquaporin Z
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3597
ポリマ－23,9721
非ポリマー1,3876
水2,486138
1
A: Aquaporin Z
ヘテロ分子

A: Aquaporin Z
ヘテロ分子

A: Aquaporin Z
ヘテロ分子

A: Aquaporin Z
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,43628
ポリマ－95,8874
非ポリマー5,54824
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area18770 Å2
ΔGint-592 kcal/mol
Surface area29630 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)91.156, 91.156, 77.145
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-438-

HOH

21A-442-

HOH

詳細The biological assembly is a tetramer generated from the monomer by the operations X,Y,Z ; -X,-Y,Z ; -Y,X,Z ; and Y,-X,Z

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要素

#1: タンパク質 Aquaporin Z / Bacterial nodulin-like intrinsic protein


分子量: 23971.820 Da / 分子数: 1 / 変異: C9S,C20S,L170C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: aqpZ, bniP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60844
#2: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物
ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.19 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: hanging drop with 1:1 addition of protien and mothor liquor, 25% polyethylene glycol monomethyl ether 2000, 100 mM sodium cacodylate, 100 mM MgCl2, 1mM HgCl2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
放射光源
由来サイトビームラインID
シンクロトロンALS 8.3.11
2
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.8→64.457 Å / Num. obs: 24884 / % possible obs: 85.1 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.8-1.91.30.5261.4229017410.52641.1
1.9-2.011.60.3312.3432226870.33167.1
2.01-2.152.10.2283.1693733260.22888.6
2.15-2.3230.1853.81051334710.18598.8
2.32-2.553.60.1265.61182432510.126100
2.55-2.853.70.0917.71076829460.091100
2.85-3.293.70.06610.3952026020.066100
3.29-4.023.60.04414.9806722180.044100
4.02-5.693.60.03616.5614817080.036100
5.69-64.423.40.03714.431609340.03797.5

-
位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å36.04 Å
Translation2.5 Å36.04 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→64.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 2.441 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.195 1167 5.1 %RANDOM
Rwork0.166 ---
obs0.167 23096 92.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.183 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å20 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→64.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1687 0 44 138 1869
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221781
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6141.9622426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9885234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.1312255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.96515236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.929155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1460.2285
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021309
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.2965
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.21265
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.289
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0950.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2510.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2430.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.771.51173
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.21421804
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0673712
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7774.5621
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free14.73834
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 46 -
Rwork0.229 1056 -
obs-1102 60.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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