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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2o9e | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of AqpZ mutant T183C complexed with mercury | ||||||
![]() | Aquaporin Z | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / aquaporin / integral membrane protein / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Center for Structures of Membrane Proteins / CSMP | ||||||
機能・相同性 | ![]() intracellular water homeostasis / water transport / water channel activity / response to osmotic stress / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Savage, D.F. / Stroud, R.M. / Center for Structures of Membrane Proteins (CSMP) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis of aquaporin inhibition by mercury. 著者: Savage, D.F. / Stroud, R.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 56.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 40.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 424.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 427 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is a tetramer generated from the monomer by the operations X,Y,Z ; -X,-Y,Z ; -Y,X,Z ; and Y,-X,Z |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23916.807 Da / 分子数: 1 / 変異: C9S,C20S,T183C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.72 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: hanging drop with 1:1 addition of protien and mothor liquor, 25% polyethylene glycol monomethyl ether 2000, 100 mM sodium cacodylate, 100 mM MgCl2, 1 mM HgCl2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.2→64.42 Å / Num. obs: 16199 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 6.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
Phasing MR |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.376 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→64.42 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
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