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- PDB-2o9d: Crystal Structure of AqpZ mutant T183C. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o9d
タイトルCrystal Structure of AqpZ mutant T183C.
要素Aquaporin Z
キーワードMEMBRANE PROTEIN / aquaporin / integral membrane protein / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Center for Structures of Membrane Proteins / CSMP
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular water homeostasis / water transport / water channel activity / response to osmotic stress / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Aquaporin Z / Glycerol uptake facilitator protein / Glycerol uptake facilitator protein. / Aquaporin transporter / Major intrinsic protein, conserved site / MIP family signature. / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
octyl alpha-L-altropyranoside / Aquaporin Z
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Savage, D.F. / Stroud, R.M. / Center for Structures of Membrane Proteins (CSMP)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural basis of aquaporin inhibition by mercury.
著者: Savage, D.F. / Stroud, R.M.
履歴
登録2006年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / pdbx_validate_chiral / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _pdbx_validate_chiral.auth_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年10月20日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22023年12月27日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aquaporin Z
B: Aquaporin Z
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8455
ポリマ－47,9682
非ポリマー8773
水1,72996
1
A: Aquaporin Z
ヘテロ分子

A: Aquaporin Z
ヘテロ分子

A: Aquaporin Z
ヘテロ分子

A: Aquaporin Z
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,44416
ポリマ－95,9364
非ポリマー3,50812
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-x+1,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-y,x-1,z1
crystal symmetry operation4_655y+1,-x,z1
Buried area13790 Å2
ΔGint-161 kcal/mol
Surface area28370 Å2
手法PISA, PQS
2
B: Aquaporin Z


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9841
ポリマ－23,9841
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Aquaporin Z

B: Aquaporin Z

B: Aquaporin Z

B: Aquaporin Z


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,9364
ポリマ－95,9364
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)92.428, 92.428, 78.235
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number75
Space group name H-MP4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-285-

HOH

21B-273-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Refine code: 4

Dom-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1ARGARGBB-1 - 2302 - 233
2LYSLYSAA-1 - 2292 - 232

-
要素

#1: タンパク質 Aquaporin Z / Bacterial nodulin-like intrinsic protein


分子量: 23983.875 Da / 分子数: 2 / 変異: C9S,C20S,T183C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: aqpZ, bniP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60844
#2: 糖 ChemComp-HSG / octyl alpha-L-altropyranoside / octyl alpha-L-altroside / octyl L-altroside / octyl altroside


タイプ: L-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O6
#3: 糖 ChemComp-HSH / octyl beta-D-galactopyranoside / octyl beta-D-galactoside / octyl D-galactoside / octyl galactoside / オクチルβ-D-ガラクトピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.68 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: hanging drop with 1:1 addition of protien and mothor liquor, 25% polyethylene glycol monomethyl ether 2000, 100 mM sodium cacodylate, 100 mM MgCl2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→92.45 Å / Num. obs: 28901 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.3-2.422.80.5951.21135540040.59593.8
2.42-2.572.90.37121119739050.37196.6
2.57-2.752.90.33611082637210.33698.7
2.75-2.973.20.1973.51139935460.19799.9
2.97-3.253.50.1295.41153432650.129100
3.25-3.643.70.0946.11102429700.094100
3.64-4.23.80.0627.5982926060.062100
4.2-5.143.90.04713.6866422240.047100
5.14-7.273.90.03717.7664217240.037100
7.27-92.453.60.03316.533399360.03396.4

-
位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å92.43 Å
Translation2.5 Å92.43 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→92.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 16.283 / SU ML: 0.188 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.238 / ESU R Free: 0.201 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 1472 5.1 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.199 28884 98.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.666 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.04 Å20 Å20 Å2
2---1.04 Å20 Å2
3---2.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→92.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3356 0 60 96 3512
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0223510
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6471.9574781
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1365462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.322.037108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.89615463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.108159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2559
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022593
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.21795
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.22450
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1860.2123
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1720.2144
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3660.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.21622320
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.84333576
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.17521385
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.56231205
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: B / Ens-ID: 1 / 数: 1649 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
MEDIUM POSITIONAL0.290.5
MEDIUM THERMAL0.822
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 97 -
Rwork0.298 1887 -
obs-1984 92.32 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8684-0.0118-0.31962.0070.32361.2737-0.06370.26540.3599-0.2776-0.12010.3487-0.3126-0.32350.18390.0490.114-0.11750.02790.01390.15933.0202-31.8196-9.7309
21.60350.0444-0.38351.80270.39474.2940.1195-0.4558-0.46250.53730.2384-0.27671.22030.6085-0.35780.31640.1946-0.24270.04710.02090.18728.7562-17.445928.414
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA-1 - 2292 - 232
22BB-1 - 2312 - 234

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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