PDB-2o9c: Crystal Structure of Bacteriophytochrome chromophore binding doma...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2o9c

タイトル

Crystal Structure of Bacteriophytochrome chromophore binding domain at 1.45 angstrom resolution

要素

Bacteriophytochrome

キーワード

TRANSFERASE / phytochrome chromophore / figure-of-eight knot / phytochromobilin / biliverdin / PAS / GAF

機能・相同性

機能・相同性情報

osmosensory signaling via phosphorelay pathway / detection of visible light / phosphorelay response regulator activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / protein kinase activator activity / photoreceptor activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Deinococcus radiodurans (放射線耐性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Wagner, J.R. / Brunzelle, J.S. / Vierstra, R.D. / Forest, K.T.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: High resolution structure of deinococcus bacteriophytochrome yields new insights into phytochrome architecture and evolution.
著者: Wagner, J.R. / Zhang, J. / Brunzelle, J.S. / Vierstra, R.D. / Forest, K.T.

履歴

登録	2006年12月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2011年9月28日	Group: Atomic model
改定 1.4	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.5	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.6	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.7	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.8	2024年3月13日	Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.details
改定 1.9	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb2o9c.ent.gz	65.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2o9c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2o9c_validation.pdf.gz	794 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2o9c_full_validation.pdf.gz	805.2 KB	表示
XML形式データ	2o9c_validation.xml.gz	20.9 KB	表示
CIF形式データ	2o9c_validation.cif.gz	29.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/2o9c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/2o9c	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2o9bC 1ztuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4q0h-1 4q0i-1 3s7o-1 3s7n-1 6a0f-d 7e7g-1 2o53-d 3oh4-d 6a0h-d 4r5z-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (16) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (5) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Bacteriophytochrome

ヘテロ分子

37.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bacteriophytochrome

ヘテロ分子

A: Bacteriophytochrome

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.333, 51.750, 80.437
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 116.290, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-517- HOH

#1: タンパク質	Bacteriophytochrome / Phytochrome-like protein 分子量: 37024.250 Da / 分子数: 1 / 断片: chromophore binidng domain / 変異: Y307S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) 遺伝子: bphP / プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: Q9RZA4, histidine kinase
#2: 化合物	ChemComp-LBV / 3-[2-[(Z)-[3-(2-carboxyethyl)-5-[(Z)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-4-methyl-pyrrol-1-ium -2-ylidene]methyl]-5-[(Z)-[(3E)-3-ethylidene-4-methyl-5-oxidanylidene-pyrrolidin-2-ylidene]methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-3- yl]propanoic acid / 2(R),3(E)- PHYTOCHROMOBILIN 分子量: 585.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₃₇N₄O₆ 詳細: Biliverdin which was reduced to 2(R),3(E)-phytochromobilin upon ligation to the protien was obtained from Porphyrin Products (Logan, UT)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.32 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.095 M sodium citrate, 19% v/v isopropanol, 19% v/v PEG 4000, 5% V/V glycerol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 0.972
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月25日
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→20 Å / Num. all: 58316 / Num. obs: 56868 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 1.45→1.5 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.276 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 83.3

-
位相決定

Phasing MR

R_factor: 0.422 / Cor.coef. F_o:F_c: 0.558 / Cor.coef. Io to Ic: 0.518

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	15 Å
Translation	3 Å	15 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1ZTU without chromophore or his tag

1ztu

解像度: 1.45→19.55 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 2.192 / SU ML: 0.044 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19204	2853	5 %	RANDOM
R_work	0.16503	-	-	-
obs	0.1664	54013	97.47 %	-
all	-	56866	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.157 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.7 Å²	0 Å²	-0.2 Å²
2-	-	0.96 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.43 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.066 Å	0.064 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→19.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2403	0	43	301	2747

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	2653
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.842	2	3659
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.725	5	336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.664	23.717	113
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.739	15	406
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.882	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.118	0.2	424
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2047
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.237	0.3	1283
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.315	0.5	1857
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.214	0.5	500
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.201	0.3	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.235	0.5	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.785	1.5	1683
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.182	2	2683
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.792	3	1139
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.63	4.5	969
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.45→1.489 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.273	188	-
R_work	0.213	3280	-
obs	-	-	80.48 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2272	-0.8357	0.185	0.9954	0.1104	2.0306	-0.0998	-0.443	-0.0469	0.106	0.0676	-0.0001	0.0868	-0.1	0.0322	-0.1048	0.0135	0.0101	-0.0177	-0.0139	-0.1194	12.0132	-1.2522	27.8703
2	7.6112	-1.3153	1.7973	17.3265	-8.9961	12.4825	-0.1575	-0.2645	1.5289	-0.4015	0.0927	0.2971	-1.0558	-0.122	0.0649	0.143	0.0366	-0.083	-0.0396	-0.1461	0.1756	9.1194	17.9226	23.0799
3	57.8998	29.7878	-37.1208	21.1498	-15.1341	26.4958	0.2232	-1.9205	0.9151	0.3052	-0.4794	-0.4618	-2.123	0.8988	0.2562	0.3095	-0.0969	-0.0868	0.321	-0.206	0.3125	4.4073	21.5678	29.1524
4	6.1505	-0.07	5.9994	2.9384	3.2943	16.7245	-0.2	0.1848	0.7456	-0.4419	0.1559	0.0221	-1.4057	0.1043	0.0441	0.0794	0.0995	-0.0086	0.0711	-0.0857	0.0833	-7.5168	17.0571	20.7978
5	9.623	-0.6944	-1.94	10.4306	-2.4525	5.6331	0.0395	0.0489	0.5399	-0.218	-0.1354	0.2484	-0.2994	-0.2748	0.0959	-0.0447	0.0355	-0.0396	-0.0045	-0.0411	-0.0606	-3.8115	6.9677	15.426
6	27.1415	5.1749	-3.0821	90.107	-12.2779	12.7291	-0.4616	1.2858	2.1308	-1.0029	0.8014	-1.6058	-0.9646	1.1168	-0.3398	0.3014	-0.0045	0.028	0.1196	0.0657	0.3236	5.7337	21.693	9.8913
7	6.2527	1.3285	-1.974	5.6075	-1.6944	5.5237	-0.1126	-0.168	0.2822	-0.1239	0.0976	-0.093	-0.2406	-0.2038	0.0149	-0.0898	0.0497	0.0003	-0.0481	-0.0734	-0.0784	1.1489	8.2386	18.5477
8	19.0272	19.2159	3.7207	38.7576	16.5266	14.4662	0.671	-1.3592	1.2544	0.0057	-0.5281	-0.2594	-1.1995	-0.1947	-0.1429	0.3488	-0.1053	-0.0633	0.2131	0.0313	0.3521	5.6992	10.6637	-1.3606
9	6.6376	1.2974	-3.5313	10.5273	-2.245	23.7382	-0.1489	-0.6137	-0.1765	0.5	-0.2947	-1.0507	0.217	1.216	0.4436	-0.0438	-0.0295	-0.0612	0.0272	0.0468	0.0281	3.5957	-0.9276	-6.6571
10	22.5102	-15.2899	-0.2464	29.535	-3.2912	0.6273	0.1383	1.4198	0.2419	-0.7843	-0.2426	1.0185	0.0135	-0.2991	0.1043	-0.0028	0.0062	-0.0493	0.1012	-0.0061	0.0074	6.8579	-11.5991	-8.5383
11	2.9512	-0.7032	0.458	9.2779	5.0148	2.9529	-0.1534	0.2056	-0.0823	-0.2404	0.1609	0.1252	-0.1713	0.3277	-0.0075	-0.1057	0.0194	0.0113	-0.0755	-0.0013	-0.1088	15.2034	-8.7656	-3.5492
12	1.716	1.0922	0.1691	5.3214	-0.6398	3.9098	-0.0042	0.0825	-0.1787	0.0085	0.0482	-0.2626	0.1913	0.4336	-0.044	-0.112	0.039	-0.004	-0.0771	-0.0311	-0.0968	20.1625	-9.3077	4.9065
13	2.0487	0.8273	-1.3394	9.5091	-3.8703	8.0265	0.0273	0.0879	0.0305	0.0918	-0.0083	-1.1165	-0.226	1.1367	-0.019	-0.0922	0.0032	0.0206	0.1409	-0.0867	0.0414	28.5265	-7.6534	1.6927
14	9.5794	-1.7482	-3.492	1.368	2.0438	5.5999	-0.0039	-0.2019	-0.3186	0.2202	0.0635	-0.0328	0.6834	0.3615	-0.0596	-0.0057	0.0361	-0.0245	-0.1049	0.0293	-0.1121	18.1598	-13.3505	18.0319
15	6.9979	4.3551	0.516	7.7889	0.8574	2.5661	0.0797	-0.1792	0.2008	0.1611	-0.0779	0.2355	0.0971	0.0118	-0.0018	-0.1226	0.016	0.0221	-0.1381	-0.0201	-0.1596	13.1186	-1.4884	15.7581
16	4.6769	-1.3336	-0.7673	1.3133	-0.1165	2.2453	-0.2592	-0.7525	0.1865	0.1891	0.21	-0.0162	-0.1657	-0.0586	0.0492	-0.0733	0.0482	-0.0062	0.0112	-0.0533	-0.1168	10.5244	3.6711	27.1492
17	8.3342	0.0169	-5.0415	5.5778	-3.7931	5.6153	-0.1142	-0.0563	-0.4416	-0.1033	-0.1318	-0.3699	0.2288	0.9257	0.246	-0.1186	0.0221	-0.0051	0.0308	0.0277	-0.0415	27.6817	-2.1475	16.9093
18	2.6164	1.1757	0.986	4.3088	0.6328	1.7519	-0.0376	0.0772	0.1411	-0.1037	0.0529	0.2334	0.0027	-0.0288	-0.0152	-0.1138	-0.0068	0.0159	-0.128	0.001	-0.1371	12.9017	-2.0267	8.0662
19	4.8895	-1.8098	1.3388	29.2907	3.5503	3.6014	0.1211	0.2091	-0.0341	-0.5592	-0.0149	0.8555	-0.246	-0.0062	-0.1062	-0.0919	0.0063	-0.019	-0.1163	-0.011	-0.0446	4.1599	-9.2689	2.9027
20	18.2314	-5.4664	9.4099	12.2772	2.8496	19.8688	0.8428	0.8401	-1.7866	-0.5674	-0.139	0.6633	2.205	-0.0319	-0.7038	0.1671	0.0371	-0.1231	-0.0251	-0.0802	0.157	4.9732	-19.64	-0.7545

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	4 - 53	19 - 68
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	54 - 63	69 - 78
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	64 - 70	79 - 85
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	71 - 84	86 - 99
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	85 - 105	100 - 120
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	106 - 111	121 - 126
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	112 - 130	127 - 145
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	131 - 138	146 - 153
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	139 - 143	154 - 158
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	144 - 152	159 - 167
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	153 - 166	168 - 181
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	167 - 192	182 - 207
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	A	193 - 201	208 - 216
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	A	202 - 215	217 - 230
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	A	216 - 228	231 - 243
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	A	229 - 261	244 - 276
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	A	262 - 268	277 - 283
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	A	269 - 306	284 - 321
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	A	307 - 314	322 - 329
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	A	315 - 322	330 - 337

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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