[日本語] English
万見
- PDB-2o8k: NMR Structure of the Sigma-54 RpoN Domain Bound to the-24 Promote... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o8k
タイトルNMR Structure of the Sigma-54 RpoN Domain Bound to the-24 Promoter Element
要素
  • 5'-D(*GP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*CP*AP*AP*AP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*TP*TP*TP*GP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*C)-3'
  • RNA polymerase sigma factor RpoN
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / HELIX-TURN-HELIX / TRANSCRIPTION FACTOR / SIGMA-54 / RNA POLYMERASE / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription activator activity / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / nucleotidyltransferase activity / DNA-templated transcription initiation / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase sigma factor 54, core-binding domain / RNA polymerase sigma factor 54, DNA-binding / RNA polymerase sigma-54 factor, core-binding domain superfamily / Sigma-54 factor, Activator interacting domain (AID) / Sigma-54, DNA binding domain / Sigma-54 factor, core binding domain / Sigma-54 factors family signature 2. / Sigma-54 factors family profile. / RNA polymerase sigma factor 54 / Homeodomain-like ...RNA polymerase sigma factor 54, core-binding domain / RNA polymerase sigma factor 54, DNA-binding / RNA polymerase sigma-54 factor, core-binding domain superfamily / Sigma-54 factor, Activator interacting domain (AID) / Sigma-54, DNA binding domain / Sigma-54 factor, core binding domain / Sigma-54 factors family signature 2. / Sigma-54 factors family profile. / RNA polymerase sigma factor 54 / Homeodomain-like / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA polymerase sigma factor RpoN
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法溶液NMR / docking, rigid-body minimization, simulated annealing
データ登録者Doucleff, M. / Pelton, J.G. / Lee, P.S. / Wemmer, D.E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural basis of DNA recognition by the alternative sigma-factor, sigma54.
著者: Doucleff, M. / Pelton, J.G. / Lee, P.S. / Nixon, B.T. / Wemmer, D.E.
履歴
登録2006年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*GP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*C)-3'
C: 5'-D(*GP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*CP*AP*AP*AP*A)-3'
A: RNA polymerase sigma factor RpoN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0483
ポリマ－16,0483
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 5020 structures with lowest energy and no restraint violations greater than 0.5 A and 5 degrees for distance and dihedral restraints, respectively
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: DNA鎖 5'-D(*TP*TP*TP*TP*GP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*C)-3'


分子量: 4252.761 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*CP*AP*AP*AP*A)-3'


分子量: 4306.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 RNA polymerase sigma factor RpoN


分子量: 7488.800 Da / 分子数: 1 / Fragment: C-TERMINAL RPON DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: rpoN / プラスミド: pSKB3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) with Rosetta.pLysS plasmid / 参照: UniProt: O66858

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D C13-seperated[F1], C12-filtered[F2] NOESY
2223D C13-seperated NOESY
3333D 15N-seperated NOESY
1412D C12-filtered[F1,F2] NOESY
1512D C12-filtered[F1] NOESY

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM Sigma-54-DNA (U-15N U-13C) complex; 250 mM NaCl; 10 mM deuterated-HEPES, pH 6.9; 1 mM EDTA; 100% D2O100% D2O
21 mM Sigma-54-DNA (U-15N U-13C) complex; 250 mM NaCl; 10 mM HEPES, pH 6.9; 1 mM EDTA; 90% H2O; 10% D2O90% H2O/10% D2O
31 mM Sigma-54-DNA (U-15N) complex; 250 mM NaCl; 10 mM HEPES, pH 6.9; 1 mM EDTA; 90% H2O; 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1250 mM NaCl 6.9ambient 303 K
2250 mM NaCl 6.9ambient 303 K
3250 mM NaCl 6.9ambient 303 K

-
NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8003

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2.3Delaglio et al. 1995解析
NMRView5.0.4Johnson et al. 1994データ解析
CYANA2.1Guntert 2004構造決定
X-PLOR2.14Schwieters et al. 2003精密化
精密化手法: docking, rigid-body minimization, simulated annealing
ソフトェア番号: 1
詳細: protein and DNA structures determined individually via simulated annealing; the two structures were docked using rigid body minimization; the whole structure was refined by simulated annealing
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: 20 structures with lowest energy and no restraint violations greater than 0.5 A and 5 degrees for distance and dihedral restraints, respectively
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る