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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2o8j | ||||||
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タイトル | Human euchromatic histone methyltransferase 2 | ||||||
要素 | Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific 3 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / HLA-B-associated transcript 8 / BAT8 / G9a / NG36/G9a / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of protein modification process / histone H3K56 methyltransferase activity / phenotypic switching / neuron fate specification / [histone H3]-lysine9 N-methyltransferase / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / peptidyl-lysine dimethylation / histone H3K27 methyltransferase activity / synaptonemal complex assembly ...regulation of protein modification process / histone H3K56 methyltransferase activity / phenotypic switching / neuron fate specification / [histone H3]-lysine9 N-methyltransferase / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / peptidyl-lysine dimethylation / histone H3K27 methyltransferase activity / synaptonemal complex assembly / negative regulation of autophagosome assembly / DNA methylation-dependent heterochromatin formation / oocyte development / protein-lysine N-methyltransferase activity / C2H2 zinc finger domain binding / fertilization / cellular response to cocaine / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / organ growth / Transcriptional Regulation by E2F6 / regulation of DNA replication / RNA Polymerase I Transcription Initiation / behavioral response to cocaine / Transcriptional Regulation by VENTX / spermatid development / long-term memory / response to fungicide / cellular response to starvation / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / transcription corepressor binding / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / promoter-specific chromatin binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Regulation of TP53 Activity through Methylation / PKMTs methylate histone lysines / p53 binding / cellular response to xenobiotic stimulus / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / response to ethanol / nuclear speck / chromatin / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Min, J. / Wu, H. / Antoshenko, T. / Loppnau, P. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Plotnikov, A.N. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2010 タイトル: Structural biology of human H3K9 methyltransferases 著者: Wu, H. / Min, J. / Lunin, V.V. / Antoshenko, T. / Dombrovski, L. / Zeng, H. / Allali-Hassani, A. / Campagna-Slater, V. / Vedadi, M. / Arrowsmith, C.H. / Plotnikov, A.N. / Schapira, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2o8j.cif.gz | 248.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2o8j.ent.gz | 196 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2o8j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2o8j_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2o8j_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2o8j_validation.xml.gz | 51.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2o8j_validation.cif.gz | 75.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/2o8j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o8/2o8j | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32460.799 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 913-1193 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EHMT2, BAT8, G9A, NG36 / プラスミド: pET28-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Code plus / 参照: UniProt: Q96KQ7, histone-lysine N-methyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-SAH / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.83 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: peg 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→79.3 Å / Num. all: 100323 / Num. obs: 100323 / % possible obs: 92.23 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 13.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2IGQ 解像度: 1.8→79.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 2.395 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.168 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→79.31 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.799→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
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