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- PDB-2o6t: Crystal structure of the PA5185 protein from Pseudomonas Aerugino... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o6t
タイトルCrystal structure of the PA5185 protein from Pseudomonas Aeruginosa strain PAO1- orthorhombic form (P2221).
要素THIOESTERASE
キーワードHYDROLASE / putative thioesterase / hot-dog fold
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acyl-CoA hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
: / Thioesterase-like superfamily / Thioesterase superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Chruszcz, M. / Koclega, K.D. / Evdokimova, E. / Cymborowski, M. / Kudritska, M. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Minor, W.
引用ジャーナル: Cryst.Growth Des. / 年: 2008
タイトル: Function-biased choice of additives for optimization of protein crystallization - the case of the putative thioesterase PA5185 from Pseudomonas aeruginosa PAO1.
著者: Chruszcz, M. / Zimmerman, M.D. / Wang, S. / Koclega, K.D. / Zheng, H. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Cymborowski, M. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Minor, W.
履歴
登録2006年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THIOESTERASE
C: THIOESTERASE
E: THIOESTERASE
G: THIOESTERASE
I: THIOESTERASE
K: THIOESTERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,19610
ポリマ－100,0556
非ポリマー1424
水4,522251
1
A: THIOESTERASE
C: THIOESTERASE
ヘテロ分子

A: THIOESTERASE
C: THIOESTERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,7746
ポリマ－66,7034
非ポリマー712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area9780 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area22260 Å2
手法PISA
2
E: THIOESTERASE
G: THIOESTERASE
ヘテロ分子

E: THIOESTERASE
G: THIOESTERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,8458
ポリマ－66,7034
非ポリマー1424
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area9690 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area22210 Å2
手法PISA
3
I: THIOESTERASE
K: THIOESTERASE
ヘテロ分子

I: THIOESTERASE
K: THIOESTERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,7746
ポリマ－66,7034
非ポリマー712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_575x,-y+2,-z1
Buried area9810 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area21910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.924, 97.083, 191.377
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number17
Space group name H-MP2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
31E
41G
51I
61K

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / Refine code: 4

Dom-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1SERSERAA6 - 1458 - 147
2ALAALACB6 - 1468 - 148
3SERSEREC6 - 1448 - 146
4SERSERGD6 - 1458 - 147
5SERSERIE6 - 1448 - 146
6ALAALAKF6 - 1468 - 148

-
要素

#1: タンパク質
THIOESTERASE


分子量: 16675.775 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: PA5185 / プラスミド: PET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HU04
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25% PEG 3350, O.1M Bis-Tris pH 5.5, 0.5% NDSB-201, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月21日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. all: 36563 / Num. obs: 36563 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.508 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 3515 / Rsym value: 0.429 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2AV9

2av9


解像度: 2.55→39.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 16.864 / SU ML: 0.187 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.473 / ESU R Free: 0.289 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. REFMAC 5.2.0019 AND COOT WERE USED FOR REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24788 1811 5 %RANDOM
Rwork0.1801 ---
obs0.18341 34661 99.34 %-
all-34661 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.251 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.96 Å20 Å20 Å2
2--0.2 Å20 Å2
3---0.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→39.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6704 0 4 251 6959
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0226868
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.741.9419349
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5275857
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.99322.982342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.108151014
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3651560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.21025
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025408
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.23032
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3180.24783
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.2321
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1960.2176
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1450.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.851.54376
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.43826858
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.32732806
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7484.52490
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1034 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.350.5
2Cmedium positional0.480.5
3Emedium positional0.380.5
4Gmedium positional0.370.5
5Imedium positional0.410.5
6Kmedium positional0.470.5
1Amedium thermal1.12
2Cmedium thermal1.062
3Emedium thermal0.962
4Gmedium thermal0.992
5Imedium thermal1.082
6Kmedium thermal1.032
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.616 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.413 117 -
Rwork0.248 2445 -
obs--97.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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