ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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REFMAC | 5.2.0005精密化 | | PDB_EXTRACT | 2 | データ抽出 | | HKL-3000 | | データ収集 | | HKL-3000 | | データ削減 | | HKL-3000 | | データスケーリング | | CNS | | 位相決定 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: native protein 解像度: 1.63→26.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 3.8 / SU ML: 0.067 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.219 | 1508 | 3.6 % | RANDOM |
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Rwork | 0.189 | - | - | - |
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obs | 0.19 | 41892 | 95.11 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 25.686 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 1 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -1.05 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 0.05 Å2 |
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.231 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.63→26.03 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2474 | 0 | 21 | 240 | 2735 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.015 | 0.021 | 2683 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.893 | 1.937 | 3662 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg4.874 | 5 | 337 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg34.881 | 25 | 142 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg13.975 | 15 | 396 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg17.948 | 15 | 8 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.137 | 0.2 | 350 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.015 | 0.02 | 2524 | X-RAY DIFFRACTION | r_nbd_refined0.198 | 0.2 | 1142 | X-RAY DIFFRACTION | r_nbtor_refined0.318 | 0.2 | 1756 | X-RAY DIFFRACTION | r_xyhbond_nbd_refined0.146 | 0.2 | 214 | X-RAY DIFFRACTION | r_symmetry_vdw_refined0.184 | 0.2 | 49 | X-RAY DIFFRACTION | r_symmetry_hbond_refined0.206 | 0.2 | 18 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcbond_it1.081 | 1.5 | 1660 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcangle_it1.698 | 2 | 2618 | X-RAY DIFFRACTION | r_scbond_it2.565 | 3 | 1172 | X-RAY DIFFRACTION | r_scangle_it4.121 | 4.5 | 1041 | | | | | | | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.63→1.669 Å / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.344 | 95 | - |
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Rwork | 0.285 | 2814 | - |
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obs | - | 2909 | 91.59 % |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.3988 | 0.2681 | 0.728 | 1.0475 | 0.7401 | 1.4054 | -0.004 | -0.0344 | 0.0029 | -0.136 | 0.0353 | 0.0057 | -0.0461 | -0.0126 | -0.0313 | -0.1039 | -0.0076 | -0.0131 | -0.0129 | -0.0321 | -0.0309 | 10.772 | 41.3374 | 61.2894 | 2 | 0.6199 | 0.6558 | 0.6146 | 1.5299 | 1.3508 | 1.3796 | 0.1993 | -0.0902 | -0.1113 | 0.253 | -0.0254 | -0.1233 | 0.2978 | -0.0492 | -0.1739 | 0.0981 | -0.0291 | -0.1038 | -0.051 | 0.0041 | -0.0249 | 6.4253 | 14.8674 | 52.4198 |
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 29 - 185 / Label seq-ID: 33 - 189 ID | Refine TLS-ID | Auth asym-ID | Label asym-ID |
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1 | 1 | AA2 | 2 | BB | | | |
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