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- PDB-2o6d: Structure of native rTp34 from Treponema pallidum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o6d
タイトルStructure of native rTp34 from Treponema pallidum
要素34 kDa membrane antigen
キーワードMEMBRANE PROTEIN / PROTEIN BINDING / Ig-fold / syphilis / metal-ion binding / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


Periplasmic metal-binding protein Tp34-type / Periplasmic metal-binding protein Tp34-type / Periplasmic metal-binding protein Tp34-type superfamily / Fe2+ transport protein / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
34 kDa membrane antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Treponema pallidum (梅毒トレポネーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Machius, M. / Brautigam, C.A. / Deka, R.K. / Tomchick, D.R. / Lumpkins, S.B. / Norgard, M.V.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the Tp34 (TP0971) lipoprotein of treponema pallidum: implications of its metal-bound state and affinity for human lactoferrin.
著者: Deka, R.K. / Brautigam, C.A. / Tomson, F.L. / Lumpkins, S.B. / Tomchick, D.R. / Machius, M. / Norgard, M.V.
履歴
登録2006年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 34 kDa membrane antigen
B: 34 kDa membrane antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,47612
ポリマ－40,8872
非ポリマー58910
水3,153175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4560 Å2
ΔGint-152 kcal/mol
Surface area14970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.071, 65.881, 150.605
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 34 kDa membrane antigen / Pathogen-specific membrane antigen


分子量: 20443.449 Da / 分子数: 2 / 変異: V16G, F17A, S18M, A19G, C20S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Treponema pallidum (梅毒トレポネーマ)
遺伝子: tpd / プラスミド: pProExHTa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-Blue / 参照: UniProt: P19478

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非ポリマー , 5種, 185分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 2.4 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bicine, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月13日
放射モノクロメーター: Double-crystal Si-111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→27.54 Å / Num. all: 28256 / Num. obs: 28256 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 28.9 Å2 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 24.5
反射 シェル解像度: 1.86→1.89 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.508 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1098 / % possible all: 74.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: Se-Met protein

解像度: 1.86→27.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 7.247 / SU ML: 0.11 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 1418 5 %RANDOM
Rwork0.188 ---
obs0.19 28200 96.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.513 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.39 Å20 Å20 Å2
2---1.11 Å20 Å2
3----0.28 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.247 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→27.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2485 0 24 175 2684
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0212707
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9721.9333694
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3455338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.30524.789142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.70615397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.141158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.140.2350
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.022539
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.21104
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.21741
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.2164
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.20.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2160.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1970.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9891.51674
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6422641
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.53431187
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1354.51053
LS精密化 シェル解像度: 1.86→1.91 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 83 -
Rwork0.288 1549 -
obs-1632 76.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.74210.47241.20041.51031.09442.0956-0.0032-0.032-0.0108-0.11460.04730.0108-0.0543-0.024-0.0441-0.1111-0.0015-0.0035-0.0236-0.0372-0.049610.815740.983161.2153
20.87620.83060.97372.13011.48352.32070.1905-0.0957-0.09950.2684-0.0299-0.13230.2693-0.0792-0.16060.0457-0.0246-0.0897-0.08670.0002-0.0526.452614.59252.3046
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA28 - 18532 - 189
22BB29 - 18533 - 189

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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