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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2o4v | ||||||
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タイトル | An arginine ladder in OprP mediates phosphate specific transfer across the outer membrane | ||||||
要素 | Porin P | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Outer Membrane / Porin / Phosphate / Transport / Channel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.94 Å | ||||||
データ登録者 | Moraes, T.F. / Bains, M. / Hancock, R.E. / Strynadka, N.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2007 タイトル: An arginine ladder in OprP mediates phosphate-specific transfer across the outer membrane. 著者: Moraes, T.F. / Bains, M. / Hancock, R.E. / Strynadka, N.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2o4v.cif.gz | 257.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2o4v.ent.gz | 207.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2o4v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/2o4v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/2o4v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 45279.617 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Outer Membrane / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 生物種: Pseudomonas aeruginosa / 株: PA01 / 参照: UniProt: P05695 |
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-非ポリマー , 6種, 644分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 化合物 | ChemComp-C8E / ( #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.99 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1M Hepes pH 6.5, 50mM K2HPO4, 5% MPD, 7.5-10% PEG8K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.94→62.9 Å / Num. obs: 147021 / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(F): 1.14 / Observed criterion σ(I): 2.8 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 14.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.94→62.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 4.638 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.116 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.94→62.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.94→1.99 Å / Total num. of bins used: 20
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