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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2o32 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Solution structure of U2 snRNA stem I from human, containing modified nucleotides | ||||||||||||||||||
![]() | 5'-R(*![]() RNA / Wobble base-pairs / Tetraloop | 機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) | ![]() 手法 | 溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics torsion angle dynamics | ![]() Sashital, D.G. / Venditti, V. / Angers, C.G. / Cornilescu, G. / Butcher, S.E. | ![]() ![]() タイトル: Structure and thermodynamics of a conserved U2 snRNA domain from yeast and human. 著者: Sashital, D.G. / Venditti, V. / Angers, C.G. / Cornilescu, G. / Butcher, S.E. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 252.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 211.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 326.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 455.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 6393.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Human U2 snRNA stem I |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: This structure was determined using standard 2D NOESY, 2D TOCSY, and natural 13C abundance 2D HSQC. |
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試料調製
詳細 |
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試料状態 |
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-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 750 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing, molecular dynamics torsion angle dynamics ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |