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- PDB-2o1q: CRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE ACETYLACETONE DIOXYGENASE (MPE_A3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o1q
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A PUTATIVE ACETYLACETONE DIOXYGENASE (MPE_A3659) FROM METHYLIBIUM PETROLEIPHILUM PM1 AT 1.50 A RESOLUTION
要素putative acetyl/propionyl-CoA carboxylase, alpha subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE / PUTATIVE ACETYLACETONE DIOXYGENASE / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2
機能・相同性Jelly Rolls / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta / ACETATE ION
機能・相同性情報
生物種Methylibium petroleiphilum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of putative acetyl/propionyl-CoA carboxylase, alpha subunit (ZP_00243239.1) from Rubrivivax gelatinosus PM1 (Methylobium petroleophilum PM1) at 1.50 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2006年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS A MIXTURE OF DIMER AND TETRAMER IN SOLUTION. THE PISA SERVER ALSO PREDICTS BOTH THE TETRAMER AND DIMER TO BE STABLE. THE TETRAMER IS DESCRIBED IN REMARK 350.
Remark 999SEQUENCE: (1) THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...SEQUENCE: (1) THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE. (2) THE SEQUENCE OF THE PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNP DATABASE AT THE TIME OF PROCESSING. (3) THE SEQUENCE IS AVAILABLE FROM GENBANK UNDER ACCESSION ID ZP_00243239.1 AND FROM THE UNIPROT ARCHIVE UNDER ACCESSION ID UPI00003CCEF6.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative acetyl/propionyl-CoA carboxylase, alpha subunit
B: putative acetyl/propionyl-CoA carboxylase, alpha subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,01615
ポリマ－31,7122
非ポリマー1,30413
水3,639202
1
A: putative acetyl/propionyl-CoA carboxylase, alpha subunit
B: putative acetyl/propionyl-CoA carboxylase, alpha subunit
ヘテロ分子

A: putative acetyl/propionyl-CoA carboxylase, alpha subunit
B: putative acetyl/propionyl-CoA carboxylase, alpha subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,03230
ポリマ－63,4254
非ポリマー2,60826
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area16580 Å2
ΔGint-308 kcal/mol
Surface area21630 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)62.020, 62.020, 133.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS A MIXTURE OF DIMER AND TETRAMER IN SOLUTION. THE PISA SERVER ALSO PREDICTS BOTH THE TETRAMER AND DIMER TO BE STABLE.

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 putative acetyl/propionyl-CoA carboxylase, alpha subunit


分子量: 15856.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylibium petroleiphilum (バクテリア)
株: PM1
解説: Methylobium petroleophilum is another scientific name of the source organism
遺伝子: ZP_00243239.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 5種, 215分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.33 %
解説: DATA FROM TWO CRYSTALS WERE USED FOR THE STRUCTURE DETERMINATION. ONE CRYSTAL WAS USED FOR MAD PHASING EXPERIMENTS AND TRACING AT A RESOLUTION OF 2.0 ANGTROMS. THE 2.0 ANGSTROM MODEL WAS ...解説: DATA FROM TWO CRYSTALS WERE USED FOR THE STRUCTURE DETERMINATION. ONE CRYSTAL WAS USED FOR MAD PHASING EXPERIMENTS AND TRACING AT A RESOLUTION OF 2.0 ANGTROMS. THE 2.0 ANGSTROM MODEL WAS REFINED TO AN ENHANCED RESOLUTION OF 1.50 ANGSTROMS USING DATA FROM A SEPARATE CRYSTAL WITH THE 2 ANGSTROM MAD PHASES FROM THE FIRST CRYSTAL USED AS PHASE RESTRAINTS.
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 4.5
詳細: 20.0% PEG-1000, 0.2M Zn(OAc)2, 0.1M Acetate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL1-511.000017
シンクロトロンAPS 23-ID-D20.97942, 0.97921, 0.94645
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 3151CCD2006年11月11日1m long Rh coated bent cylindrical mirror forhorizontal and vertical focussing
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2006年10月20日Adjustable focusing mirrors in K-B geometry
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111) Double Crystal MonochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111) Double Crystal MonochromatorMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0000171
20.979421
30.979211
40.946451
反射解像度: 1.5→29.437 Å / Num. obs: 42659 / % possible obs: 99.7 % / Biso Wilson estimate: 16.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 9.49
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsDiffraction-ID% possible all
1.5-1.550.7321.9251451,297.7
1.55-1.620.6392.3326701,2100
1.62-1.690.5662.7277861,2100
1.69-1.780.4393.4292881,2100
1.78-1.890.3134.4279331,299.9
1.89-2.040.2185.9280911,299.8
2.04-2.240.2079.2520791,299.9
2.24-2.560.14212.4546781,299.9
2.56-3.230.08319556551,299.8
3.23-29.40.05733.6579931,299.5

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
SHELX位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT2データ抽出
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→29.437 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 2.939 / SU ML: 0.058 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.08
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: (1). HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN RIDING POSITIONS. (2). ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. (3). A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING ...詳細: (1). HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN RIDING POSITIONS. (2). ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. (3). A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. (4). A ZN ATOM ON EACH OF THE TWO SUBUNITS IN THE ASYMMETRIC UNIT IS COORDINATED TO THE SIDE CHAIN OF HIS 59, HIS 101, AND ACETATE. A ZINC ATOM ON SUBUNIT B IS COORDINATED TO THE SIDE CHAINS OF GLU 136, ASP 137 AND FOUR WATER MOLECULES. ANOMALOUS DIFFERENCE FOURIERS AND X-RAY FLUORESCENCE EXPERIMENTS SUPPORT THE ASSIGNMENT OF THE ZINC IONS. (5). UNEXPLAINED ELECTRON DENSITIES OBSERVED NEAR RESIDUE 111 ON THE A SUBUNIT AND RESIDUES 141-143 ON THE B SUBUNIT WERE NOT MODELED. (6). FOUR MOLECULES OF POLYETHYLENE GLYCOL 200 (PG4) USED AS A CRYOPROTECTANT, FIVE ACETATE (ACT) AND ONE CL ION FROM THE CRYSTALLIZATION BUFFER WERE MODELED INTO THE STRUCTURE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 2177 5.1 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.183 42575 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.549 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å20 Å20 Å2
2--0.28 Å20 Å2
3----0.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.437 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2170 0 58 202 2430
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222373
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021577
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7061.9493219
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93533843
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg75304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.39523.84691
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.42915324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.698155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2320
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022724
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02499
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2330.2498
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2020.21517
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1890.21142
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.21260
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2290.2171
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2150.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1620.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2480.2115
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2150.230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.19431549
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6283606
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.78452382
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3118997
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.22111837
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 174 -
Rwork0.227 2892 -
obs-3066 98.36 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.75040.1842-0.13710.67490.08020.53510.0434-0.1075-0.03820.0526-0.02740.02170.03370.0314-0.0161-0.04940.0044-0.0008-0.02910.0216-0.032122.343219.436710.2985
20.77830.23910.08650.6590.10840.78510.0641-0.14770.03890.0210.0062-0.0406-0.0990.1137-0.0703-0.0305-0.01030.01230.0069-0.0421-0.024140.662340.67510.6169
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 1 - 144 / Label seq-ID: 2 - 145

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
22BB

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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