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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2nze | ||||||
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タイトル | Structure of beta-lactamase II from Bacillus cereus. R121H, C221S double mutant. Space group P3121. | ||||||
![]() | Beta-lactamase II | ||||||
![]() | HYDROLASE / Beta-Lactamase II / Bacillus cereus | ||||||
機能・相同性 | ![]() antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Medrano Martin, F.J. / Vila, A.J. / Gonzalez, J.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Zn2 position in metallo-beta-lactamases is critical for activity: a study on chimeric metal sites on a conserved protein scaffold. 著者: Gonzalez, J.M. / Medrano Martin, F.J. / Costello, A.L. / Tierney, D.L. / Vila, A.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 107.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 81.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 471.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 475.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 24387.791 Da / 分子数: 2 / 変異: yes / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 384分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/ACY.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/ACY.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-ACY / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.83 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.9 詳細: 0.1 M sodium acetate, 2.8 M ammonium sulfate, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.42 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 40696 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): 202606 / 冗長度: 5.2 % / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 11.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Rsym value: 0.45 / % possible all: 91.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1bc2 解像度: 1.8→58.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 2.457 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.194 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→58.62 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.801→1.848 Å / Total num. of bins used: 20
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