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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2nzc | ||||||
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タイトル | The structure of uncharacterized protein TM1266 from Thermotoga maritima. | ||||||
要素 | Hypothetical protein | ||||||
キーワード | Structural Genomics/Unknown Function / Thermotoga maritima / sturctural genomics / TM1266 / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Structural Genomics-Unknown Function COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | [FeFe]-hydrogenase system regulator TM1266 / ACT-like. Chain A, domain 2 / Acetolactate synthase/Transcription factor NikR, C-terminal / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / ACETIC ACID / PHOSPHATE ION / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermotoga maritima (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Cuff, M.E. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Savchenko, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: TO BE PUBLISHED タイトル: The structure of uncharacterized protein TM1266 from Thermotoga maritima. 著者: Cuff, M.E. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Savchenko, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2nzc.cif.gz | 84.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2nzc.ent.gz | 65.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2nzc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/2nzc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/2nzc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is likely to be a tetramer, the contents of the asymmetric unit. It has not been experimentally verified. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9909.197 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 株: MSB8 / プラスミド: p11 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9X0Z3 #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #3: 化合物 | ChemComp-ACY / #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.37 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 1 M ammonium dihydrogen phosphate, 0.1M sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97924, 0.97938 | |||||||||
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月10日 | |||||||||
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.95→33.4 Å / Num. all: 22828 / Num. obs: 22928 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 37.3 Å2 / Net I/σ(I): 7 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.001 Å / 冗長度: 4.6 % / % possible all: 98.51 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.95→33.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 9.282 / SU ML: 0.137 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.189 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.317 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→33.43 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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