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万見
- PDB-2nxq: Crystal structure of calcium binding protein 1 from Entamoeba his... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nxq
タイトルCrystal structure of calcium binding protein 1 from Entamoeba histolytica: a novel arrangement of EF hand motifs
要素Calcium-binding protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / EF hand motifs / calcium binding
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of actin filament bundle assembly / positive regulation of macropinocytosis / regulation of protein kinase activity / pseudopodium / phagocytic cup / actin monomer binding / phagocytosis / positive regulation of phagocytosis / actin filament binding / calcium ion binding ...regulation of actin filament bundle assembly / positive regulation of macropinocytosis / regulation of protein kinase activity / pseudopodium / phagocytic cup / actin monomer binding / phagocytosis / positive regulation of phagocytosis / actin filament binding / calcium ion binding / endoplasmic reticulum / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EF-hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair ...EF-hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Calcium-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kumar, S. / Padhan, N. / Alam, N. / Gourinath, S.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of calcium binding protein-1 from Entamoeba histolytica: A novel arrangement of EF hand motifs.
著者: Kumar, S. / Padhan, N. / Alam, N. / Gourinath, S.
履歴
登録2006年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium-binding protein
B: Calcium-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,39711
ポリマ－29,9422
非ポリマー4569
水55831
1
A: Calcium-binding protein
ヘテロ分子

A: Calcium-binding protein
ヘテロ分子

A: Calcium-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,50715
ポリマ－44,9133
非ポリマー59512
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area5270 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area13460 Å2
手法PISA
2
B: Calcium-binding protein
ヘテロ分子

B: Calcium-binding protein
ヘテロ分子

B: Calcium-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,68418
ポリマ－44,9133
非ポリマー77215
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area5020 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area13080 Å2
手法PISA
3
A: Calcium-binding protein
B: Calcium-binding protein
ヘテロ分子

A: Calcium-binding protein
B: Calcium-binding protein
ヘテロ分子

A: Calcium-binding protein
B: Calcium-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,19233
ポリマ－89,8256
非ポリマー1,36727
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area14090 Å2
ΔGint-250 kcal/mol
Surface area22740 Å2
手法PISA
4
A: Calcium-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1695
ポリマ－14,9711
非ポリマー1984
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
5
B: Calcium-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2286
ポリマ－14,9711
非ポリマー2575
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)95.250, 95.250, 64.996
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Calcium-binding protein / CABP


分子量: 14970.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
株: HM-1:IMSS / プラスミド: PET-3c / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P38505
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.2 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4
詳細: 60% MPD, 5mM CaCl2, 50mM sodium acetate, pH 4.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.977
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月23日 / 詳細: cylindrically bent rhodium-coated silicon mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→50 Å / Num. all: 12484 / Num. obs: 12484 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 43.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Χ2: 1.144 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.37-2.451.70.38610081.165173.9
2.45-2.552.10.26111110.965182.2
2.55-2.672.90.35111581.539185.4
2.67-2.815.50.35113281.211196.7
2.81-2.995.60.22413230.961197.7
2.99-3.225.60.13613211.06196.8
3.22-3.545.70.0913151.183196.8
3.54-4.055.70.0713171.223196.1
4.05-5.15.60.05213211.13196.1
5.1-503.60.04712821.12190

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB code 1CLL: n-terminal domain

1cll


解像度: 2.4→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 1161 8.8 %Random
Rwork0.258 ---
all-12484 --
obs-11409 86.1 %-
溶媒の処理Bsol: 61.48 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 66.482 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.423 Å20.454 Å20 Å2
2--8.423 Å20 Å2
3----16.847 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1013 0 24 31 1068
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4641.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.3722
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.5452
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.7632.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.03
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 146 -
Rwork0.347 --
obs-1305 66.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2ion.param
X-RAY DIFFRACTION3act.param
X-RAY DIFFRACTION4mpd.param
X-RAY DIFFRACTION5water.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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