PDB-2nwq: Short chain dehydrogenase from Pseudomonas aeruginosa

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2nwq

タイトル

Short chain dehydrogenase from Pseudomonas aeruginosa

要素

Probable short-chain dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / short-chain dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

fatty acid elongation / oxidoreductase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

McGrath, T.E. / Kimber, M.S. / Beattie, B. / Thambipillai, D. / Dharamsi, A. / Virag, C. / Nethery-Brokx, K. / Edwards, A.M. / Pai, E.F. / Chirgadze, N.Y.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Short chain dehydrogenase from Pseudomonas aeruginosa
著者: McGrath, T.E. / Chirgadze, N.Y.

履歴

登録	2006年11月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年11月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2nwq.cif.gz	189.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2nwq.ent.gz	151.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2nwq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2nwq_validation.pdf.gz	476.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2nwq_full_validation.pdf.gz	490.7 KB	表示
XML形式データ	2nwq_validation.xml.gz	37.6 KB	表示
CIF形式データ	2nwq_validation.cif.gz	53.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/2nwq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/2nwq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1x1t-1 3v2h-1 6nrp-d 6tq3-d 5xtf-1 5xtg-1 7m92-d 3asu-1 3tfo-d 3guy-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Probable short-chain dehydrogenase

B: Probable short-chain dehydrogenase

C: Probable short-chain dehydrogenase

D: Probable short-chain dehydrogenase

ヘテロ分子

119 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.982, 107.920, 71.457
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.92, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Refine code: 4

Dom-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	HIS	HIS	A	A	2 - 250	21 - 269
2	ARG	ARG	B	B	2 - 251	21 - 270
3	HIS	HIS	C	C	2 - 250	21 - 269
4	HIS	HIS	D - C	D - C	2 - 250	21 - 269

詳細

the tetramer found in the assymetric unit is the biological assembly

#1: タンパク質	Probable short-chain dehydrogenase 分子量: 29684.615 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HUQ6
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 415 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.17 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5-8.5, 22% PEG4000, 0.2-0.3M ammonium sulphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	タイプ: OTHER / 波長: 0.9795
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 42528 / Num. obs: 38911 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 18.7
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / R_merge(I) obs: 0.163 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 4194 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→23 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 12.021 / SU ML: 0.152 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.344 / ESU R Free: 0.226 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21887	2071	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16354	-	-	-
obs	0.16632	38911	95.97 %	-
all	-	42528	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.751 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.85 Å²	0 Å²	1.08 Å²
2-	-	-0.66 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6938	0	20	415	7373

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	7108
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.367	1.961	9677
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.925	5	917
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.644	23.688	301
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.209	15	1116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.49	15	53
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	1107
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5393
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	3504
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.301	0.2	4796
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	461
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.12	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.302	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.527	1.5	4678
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.831	2	7265
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.456	3	2775
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.244	4.5	2409
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1721 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	medium positional	0.43	0.5
2	B	medium positional	0.39	0.5
3	C	medium positional	0.27	0.5
4	D	medium positional	0.27	0.5
1	A	medium thermal	0.52	2
2	B	medium thermal	0.48	2
3	C	medium thermal	0.27	2
4	D	medium thermal	0.27	2

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.255	156	-
R_work	0.18	2789	-
obs	-	-	94.39 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4609	-0.039	-0.4027	1.2596	0.0456	1.6568	-0.0094	-0.1467	-0.1113	0.2817	-0.0097	0.1131	0.2127	-0.0116	0.0192	-0.073	-0.0048	0.0101	-0.0682	0.0118	-0.0644	35.5653	57.555	67.5516
2	0.6518	-0.2216	-0.5207	1.2353	0.4643	1.5139	-0.0468	0.0616	-0.2168	-0.0768	-0.0322	0.168	0.2832	-0.1317	0.079	-0.113	-0.0215	-0.018	-0.0752	-0.006	-0.0446	40.079	48.8509	39.0901
3	0.6222	0.2086	-0.0582	1.4007	0.383	1.7215	0.0334	-0.0237	0.1824	0.0723	-0.0185	0.2543	-0.3627	-0.167	-0.0149	-0.088	0.0382	0.012	-0.0681	-0.0003	-0.0379	34.9368	86.8967	58.3579
4	0.3249	0.0747	-0.1791	1.644	0.4354	1.7299	0.0316	0.1647	0.1063	-0.4032	-0.0103	-0.0261	-0.3124	0.0764	-0.0213	-0.0436	0.0059	0.0009	-0.0604	0.0209	-0.09	43.6129	78.2229	30.8147

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 250	21 - 269
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	2 - 251	21 - 270
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	2 - 250	21 - 269
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	2 - 250	21 - 269

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