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- PDB-2nvw: Crystal sctucture of transcriptional regulator Gal80p from kluyve... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nvw
タイトルCrystal sctucture of transcriptional regulator Gal80p from kluyveromymes lactis
要素Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80
キーワードTRANSCRIPTION / galactose metabolism / repressor
機能・相同性
機能・相同性情報


galactose metabolic process / nucleotide binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Gal80p, C-terminal domain / : / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold ...: / Gal80p, C-terminal domain / : / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80
類似検索 - 構成要素
生物種Kluyveromyces lactis (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Thoden, J.B. / Sellick, C.A. / Reece, R.J. / Holden, H.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Understanding a transcriptional paradigm at the molecular level. The structure of yeast Gal80p.
著者: Thoden, J.B. / Sellick, C.A. / Reece, R.J. / Holden, H.M.
履歴
登録2006年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80
B: Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,2872
ポリマ－107,2872
非ポリマー00
水6,251347
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3770 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area34950 Å2
手法PISA
2
A: Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80
B: Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80

A: Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80
B: Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,5744
ポリマ－214,5744
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area11650 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area65780 Å2
手法PISA
3
A: Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80
B: Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80

A: Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80
B: Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,5744
ポリマ－214,5744
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area10300 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area67140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.200, 137.100, 72.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細Homo dimer comprised of Chains A and B as deposited

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要素

#1: タンパク質 Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80


分子量: 53643.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (酵母) / 遺伝子: GAL80 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: Q06433
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 347 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.93 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.25
詳細: 20% 2,4-MPD, 0.2M NaCl, 0.1M MES, pH 6.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97924, 0.97907, 0.96411
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月6日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979241
20.979071
30.964111
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 65527 / Num. obs: 65527 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 6238 / Rsym value: 0.293 / % possible all: 94.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SAINTデータスケーリング
TNT精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
d*TREKデータスケーリング
HKL-2000データ削減
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 6514 -random
Rwork0.195 ---
all0.197 64889 --
obs0.197 64889 97.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 46.488 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6548 0 0 347 6895
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.59
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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