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- PDB-2nty: Rop4-GDP-PRONE8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nty
タイトルRop4-GDP-PRONE8
要素
  • Emb|CAB41934.1
  • Rac-like GTP-binding protein ARAC5
キーワードSIGNALING PROTEIN / complex of PRONE-GEF with Rop substrate
機能・相同性
機能・相同性情報


root hair initiation / pollen tube growth / phragmoplast / root hair elongation / cortical cytoskeleton organization / small GTPase-mediated signal transduction / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cell projection / regulation of actin cytoskeleton organization / actin filament organization ...root hair initiation / pollen tube growth / phragmoplast / root hair elongation / cortical cytoskeleton organization / small GTPase-mediated signal transduction / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cell projection / regulation of actin cytoskeleton organization / actin filament organization / cell cortex / regulation of cell shape / cytoplasmic vesicle / actin cytoskeleton organization / cytoskeleton / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / nucleolus / GTP binding / protein kinase binding / mitochondrion / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PRONE domain, subdomain 2 / PRONE domain, subdomain 1 / PRONE domain / Rop guanine nucleotide exchange factor / PRONE (Plant-specific Rop nucleotide exchanger) / PRONE domain profile. / Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Small GTPase ...PRONE domain, subdomain 2 / PRONE domain, subdomain 1 / PRONE domain / Rop guanine nucleotide exchange factor / PRONE (Plant-specific Rop nucleotide exchanger) / PRONE domain profile. / Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Small GTPase / Ras family / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Rac-like GTP-binding protein ARAC5 / Rho guanine nucleotide exchange factor 8
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Thomas, C. / Fricke, I. / Scrima, A. / Berken, A. / Wittinghofer, A.
引用
ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2007
タイトル: Structural Evidence for a Common Intermediate in Small G Protein-GEF Reactions
著者: Thomas, C. / Fricke, I. / Scrima, A. / Berken, A. / Wittinghofer, A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006
タイトル: Purification and crystallization of the catalytic PRONE domain of RopGEF8 and its complex with Rop4 from Arabidopsis thaliana
著者: Thomas, C. / Weyand, M. / Wittinghofer, A. / Berken, A.
履歴
登録2006年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Emb|CAB41934.1
B: Emb|CAB41934.1
C: Rac-like GTP-binding protein ARAC5
D: Rac-like GTP-binding protein ARAC5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,5746
ポリマ－122,6884
非ポリマー8862
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12120 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area43780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)211.170, 211.170, 81.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Emb|CAB41934.1 / PRONE8


分子量: 41516.367 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 76-440 based on the database numbering / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
株: Columbia / 遺伝子: At3g24620 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q9LV40
#2: タンパク質 Rac-like GTP-binding protein ARAC5 / GTPase protein ROP4


分子量: 19827.680 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-180 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
株: Columbia / 遺伝子: ATU52350 / プラスミド: pGEX-4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q38937
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 18%(v/v) Tacsimate(Hampton Research), 4%(w/v) PEG 3350, 0.1M Tris-HCl, pH 7.3, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: MAR CCD 225 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月3日 / 詳細: MAR CCD 225 mm
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 37649 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 56.835 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 16.81
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique all% possible all
3.1-3.20.4394.217144337499.8
3.2-3.30.3685.115153298199.8
3.3-3.40.3225.713590266999.9
3.4-3.60.3588.232816447199.9
3.6-3.80.32811.735339357799.5
3.8-40.27114.528550288899.6
4-4.50.20119.751605522199.8
4.5-50.14726.232849334399.8
5-60.14623.6374043795100
6-80.10327.829366305599.9
8-120.06345.614750159199.9
12-160.06246.9359339899.7
16-200.063461267145100
200.06745.265675100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2NTX

2ntx


解像度: 3.1→24.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 33.327 / SU ML: 0.272 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.753 / ESU R Free: 0.344 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 1879 5 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.201 37579 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.315 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å20.09 Å20 Å2
2--0.17 Å20 Å2
3----0.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→24.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7564 0 56 0 7620
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0227744
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9261.96610556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.96251001
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.99724.597298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.701151208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.8781535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.21246
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025764
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2620.23490
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.330.25427
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1880.2225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1790.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1510.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8731.55102
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.14728017
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.13832996
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0174.52539
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.179 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 134 -
Rwork0.276 2552 -
obs-2686 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6208-0.476-0.46860.74860.24882.5388-0.00640.1409-0.1218-0.16640.0321-0.1340.04130.3605-0.0258-0.24980.0388-0.0305-0.08310.0484-0.052659.647156.6362-4.1489
21.5831-0.7243-0.65740.74210.2652.6697-0.0069-0.08730.08530.08910.02320.138-0.2926-0.2943-0.0163-0.13980.1035-0.0573-0.1616-0.0159-0.087718.823679.83774.1493
33.4204-1.3594-0.27862.5668-1.21455.51560.14420.1379-0.2775-0.035-0.2042-0.0963-0.02450.2170.06-0.28980.0591-0.0652-0.2369-0.0682-0.234648.447960.1385-26.9556
43.4604-1.1790.94932.13060.96685.3567-0.0797-0.213-0.0956-0.08470.08390.2759-0.2495-0.1066-0.0042-0.31390.0580.0476-0.21530.1004-0.230227.6671.937127.4025
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA10 - 36310 - 363
22BB9 - 3649 - 364
33CC4 - 1794 - 179
44DD5 - 1795 - 179

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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