PDB-2ntx: Prone8

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ntx

タイトル

Prone8

要素

Emb|CAB41934.1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / dimer / guanine nucleotide exchange factor

機能・相同性

機能・相同性情報

guanyl-nucleotide exchange factor activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Thomas, C. / Fricke, I. / Scrima, A. / Berken, A. / Wittinghofer, A.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2007
タイトル: Structural Evidence for a Common Intermediate in Small G Protein-GEF Reactions
著者: Thomas, C. / Fricke, I. / Scrima, A. / Berken, A. / Wittinghofer, A.

履歴

登録	2006年11月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ntx.cif.gz	132.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ntx.ent.gz	104 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ntx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ntx_validation.pdf.gz	443.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ntx_full_validation.pdf.gz	453.5 KB	表示
XML形式データ	2ntx_validation.xml.gz	24.1 KB	表示
CIF形式データ	2ntx_validation.cif.gz	34.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/2ntx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/2ntx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ntyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3c3a-d 1pwp-2 3c3c-d 2673 3c3b-d 1pwu-1 3if1-d 4x9h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Emb|CAB41934.1

B: Emb|CAB41934.1

84.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Emb|CAB41934.1

B: Emb|CAB41934.1

A: Emb|CAB41934.1

B: Emb|CAB41934.1

ソフトウェアが定義した集合体
169 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.339, 114.339, 318.964
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	Emb\|CAB41934.1 / PRONE8 分子量: 42172.895 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 76-440 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 株: Columbia / 遺伝子: At3g24620 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q9LV40
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Emb|CAB41934.1 / PRONE8

分子量: 42172.895 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 76-440 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
株: Columbia / 遺伝子: At3g24620 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q9LV40

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 740mM NaCl, 100mM sodium citrate, pH 5.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SLS	X10SA	1	0.9793
シンクロトロン	SLS	X10SA	2	0.8985

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARMOSAIC 225 mm CCD	1	CCD	2005年8月27日
MARMOSAIC 225 mm CCD	2	CCD	2005年8月27日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Si(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9793	1
2	0.8985	1

Reflection

Av σ(I) over netI: 17.28 / 数: 366548 / R_merge(I) obs: 0.076 / D res high: 2.8 Å / Num. obs: 54359 / % possible obs: 99.3

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs
2.8	2.9	97.6	1	0.396
2.9	3	99.8	1	0.372
3	3.1	99.9	1	0.329
3.1	3.2	99.7	1	0.282
3.2	3.3	99.7	1	0.228
3.3	4	99.8	1	0.125
4	5	99.9	1	0.061
5	6	100	1	0.053

反射

解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 62938 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / R_merge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 20.98

反射シェル

Diffraction-ID: 1,2

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique all	% possible all
2.2-2.3		0.452	4.2	50045	7417	95.9
2.3-2.4		0.386	5.7	56635	6514	99.9
2.4-2.5		0.342	7.6	63484	5545	99.9
2.5-2.6		0.308	10.1	72010	4736	99.9
2.6-2.8		0.234	13.9	129432	7570	99.9
2.8-3		0.165	18.6	97023	5696	99.8
3-3.3		0.109	25.5	105090	6187	99.7
3.3-3.8		0.068	36.2	109732	6521	99.9
3.8-4.5		0.053	44	82277	4971	99.9
4.5-5.5		0.06	41	55497	3472	100
5.5-7		0.06	40.6	34314	2205	100
7-9		0.041	50.9	16808	1138	99.1
9-12		0.036	52.8	8056	600	99
12-15		0.037	50.1	2777	228	97.9
	15	0.037	47.1	1557	138	92

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD set

ID	最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	2.8	19.8	0	0	25168	4877
ANO_1	2.8	19.8	1.55	0	25009	0

Phasing MAD set shell

ID	解像度 (Å)	Power acentric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	10.66-19.8	0	302	247
ISO_1	8.15-10.66	0	506	237
ISO_1	6.85-8.15	0	652	258
ISO_1	6.02-6.85	0	767	244
ISO_1	5.44-6.02	0	870	245
ISO_1	5-5.44	0	979	250
ISO_1	4.65-5	0	1053	232
ISO_1	4.36-4.65	0	1146	249
ISO_1	4.12-4.36	0	1218	237
ISO_1	3.92-4.12	0	1297	239
ISO_1	3.75-3.92	0	1353	239
ISO_1	3.59-3.75	0	1441	225
ISO_1	3.45-3.59	0	1498	242
ISO_1	3.33-3.45	0	1561	243
ISO_1	3.22-3.33	0	1598	247
ISO_1	3.12-3.22	0	1702	250
ISO_1	3.03-3.12	0	1719	258
ISO_1	2.95-3.03	0	1792	249
ISO_1	2.87-2.95	0	1839	243
ISO_1	2.8-2.87	0	1875	243
ANO_1	10.66-19.8	6.319	302	0
ANO_1	8.15-10.66	6.579	506	0
ANO_1	6.85-8.15	6.495	652	0
ANO_1	6.02-6.85	5.813	767	0
ANO_1	5.44-6.02	5.091	870	0
ANO_1	5-5.44	4.088	979	0
ANO_1	4.65-5	3.345	1053	0
ANO_1	4.36-4.65	2.702	1146	0
ANO_1	4.12-4.36	2.088	1218	0
ANO_1	3.92-4.12	1.746	1297	0
ANO_1	3.75-3.92	1.413	1353	0
ANO_1	3.59-3.75	1.14	1441	0
ANO_1	3.45-3.59	0.87	1498	0
ANO_1	3.33-3.45	0.676	1561	0
ANO_1	3.22-3.33	0.624	1598	0
ANO_1	3.12-3.22	0.489	1702	0
ANO_1	3.03-3.12	0.377	1719	0
ANO_1	2.95-3.03	0.309	1792	0
ANO_1	2.87-2.95	0.252	1806	0
ANO_1	2.8-2.87	0.202	1749	0

Phasing dm

FOM : 0.92 / FOM acentric: 0.92 / FOM centric: 0.92 / 反射: 30332 / Reflection acentric: 25253 / Reflection centric: 5079

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
8-19.798	0.98	0.98	0.98	1382	857	525
5-8	0.95	0.96	0.94	4205	3215	990
4-5	0.96	0.96	0.96	5132	4211	921
3.5-4	0.94	0.94	0.95	5105	4325	780
3-3.5	0.9	0.9	0.89	9002	7795	1207
2.8-3	0.86	0.86	0.84	5506	4850	656

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
SHARP		位相決定
RESOLVE	2.05	位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→19.74 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.916 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.891 / SU B: 10.417 / SU ML: 0.134 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2703	3146	5 %	RANDOM
R_work	0.24362	-	-	-
obs	0.24496	59790	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.183 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.1 Å²	0.05 Å²	0 Å²
2-	-	0.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4619	0	0	174	4793

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	4709
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.58	1.977	6378
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	14.144	5	608
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.068	24.921	189
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.615	15	847
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.351	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.14	0.2	745
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3460
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	2187
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.293	0.2	3315
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.312	0.2	197
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.286	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.876	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.624	1.5	3105
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.898	2	4833
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.762	3	1817
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.693	4.5	1540

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.32	213	-
R_work	0.276	4049	-
obs	-	4262	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7027	0.11	-0.4178	1.6589	-0.1828	1.0516	-0.0042	-0.0624	-0.0017	-0.0308	-0.0004	-0.2156	-0.0523	0.1442	0.0046	-0.1157	0.0358	0.0102	-0.0428	-0.0095	-0.1081	9.1891	-49.7823	-42.0559
2	1.3918	-1.1324	-0.6027	1.3128	0.5228	1.4445	0.0052	0.0931	-0.181	0.0453	-0.0707	0.2154	0.0907	-0.2545	0.0655	-0.0981	-0.0171	0.0348	-0.0622	0.0069	-0.0808	-29.3202	-38.4301	-17.2237

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	7 - 362	7 - 362
2	2	B	B	3 - 356	3 - 356

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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