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- PDB-2ns6: Crystal Structure of the Minimal Relaxase Domain of MobA from Pla... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ns6
タイトルCrystal Structure of the Minimal Relaxase Domain of MobA from Plasmid R1162
要素Mobilization protein A
キーワードHYDROLASE / nickase / 5-strand antiparallel beta sheet / metalloenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


: / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
類似検索 - 分子機能
MobA/MobL protein / MobA/MobL family / BirA Bifunctional Protein; domain 2 - #30 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Mobilization protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Monzingo, A.F. / Ozburn, A. / Xia, S. / Meyer, R.J. / Robertus, J.D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: The Structure of the Minimal Relaxase Domain of MobA at 2.1 A Resolution.
著者: Monzingo, A.F. / Ozburn, A. / Xia, S. / Meyer, R.J. / Robertus, J.D.
履歴
登録2006年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年1月10日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE The sequence of this protein from Pseudomonas aeruginosa is not available at the UNP ...SEQUENCE The sequence of this protein from Pseudomonas aeruginosa is not available at the UNP sequence database. The UNP entry MBA2_ECOLI contains identical sequence isolated from E. coli, plasmid RSF1010.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mobilization protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9794
ポリマ－20,8141
非ポリマー1653
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.967, 47.967, 165.927
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Mobilization protein A


分子量: 20814.199 Da / 分子数: 1 / 断片: Minimal Relaxase Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: mobA / プラスミド: PTYB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 strain ER2566
参照: UniProt: D0VWX2*PLUS, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.99 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10
詳細: 21-27% PEG4000, 0.1 M CAPS, 0.2 M NaCl, 10 mM MnCl2, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンCAMD GCPCC11.0076
シンクロトロンCAMD GCPCC20.97924, 0.97900, 0.93925
検出器
タイプID検出器日付
MAR CCD 165 mm1CCD2005年4月22日
MAR CCD 165 mm2CCD2006年1月24日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.00761
20.979241
30.9791
40.939251
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 11903 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Χ2: 0.991 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / Rmerge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 10.5 / Num. unique all: 1094 / Χ2: 0.859 / % possible all: 92.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ削減
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→20 Å / FOM work R set: 0.804 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.287 587 4.9 %random
Rwork0.238 ---
obs-11671 96.9 %-
溶媒の処理Bsol: 32.353 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 22.196 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.311 Å20 Å20 Å2
2--0.311 Å20 Å2
3----0.622 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1442 0 3 112 1557
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.205
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3461.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.0192
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.0182
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.7532.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2.1-2.170.277590.255905964
2.17-2.250.316500.2519551005
2.25-2.330.339480.2499801028
2.33-2.440.356510.25610041055
2.44-2.570.333580.2619841042
2.57-2.730.316550.24710081063
2.73-2.940.273460.24810281074
2.94-3.230.266590.23910311090
3.23-3.70.263520.24810371089
3.7-4.650.246500.20710511101
4.65-200.3590.22211011160
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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