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万見
- PDB-2ns5: The conserved N-terminal domain of Par-3 adopts a novel PB1-like ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ns5
タイトルThe conserved N-terminal domain of Par-3 adopts a novel PB1-like structure required for Par-3 oligomerization and apical membrane localization
要素Partitioning-defective 3 homolog
キーワードSIGNALING PROTEIN / cell polarity / Par-3 / N-terminal domain / PB1 domain / asymmetric membrane localization
機能・相同性
機能・相同性情報


Tight junction interactions / regulation of actin filament-based process / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / internode region of axon / regulation of cellular localization / PAR polarity complex / apical constriction / establishment of centrosome localization / establishment of epithelial cell polarity / lateral loop ...Tight junction interactions / regulation of actin filament-based process / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / internode region of axon / regulation of cellular localization / PAR polarity complex / apical constriction / establishment of centrosome localization / establishment of epithelial cell polarity / lateral loop / positive regulation of myelination / bicellular tight junction assembly / Schmidt-Lanterman incisure / myelination in peripheral nervous system / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / protein targeting to membrane / wound healing, spreading of cells / apical junction complex / centrosome localization / establishment of cell polarity / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / positive regulation of receptor internalization / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / bicellular tight junction / endomembrane system / axonal growth cone / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / phosphatidylinositol binding / adherens junction / microtubule cytoskeleton organization / spindle / cell-cell junction / protein localization / cell junction / apical part of cell / cell cortex / protein phosphatase binding / cell adhesion / apical plasma membrane / cell division / neuronal cell body / protein-containing complex / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Par3/HAL, N-terminal / N-terminal of Par3 and HAL proteins / : / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) ...Par3/HAL, N-terminal / N-terminal of Par3 and HAL proteins / : / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Partitioning defective 3 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model type detailsminimized average
データ登録者Feng, W. / Wu, H. / Chan, L.-N. / Zhang, M.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2007
タイトル: The Par-3 NTD adopts a PB1-like structure required for Par-3 oligomerization and membrane localization
著者: Feng, W. / Wu, H. / Chan, L.-N. / Zhang, M.
履歴
登録2006年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Partitioning-defective 3 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6841
ポリマ－9,6841
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 Partitioning-defective 3 homolog / PARD-3 / PAR-3 / Atypical PKC isotype-specific-interacting protein / ASIP / Atypical PKC-specific- ...PARD-3 / PAR-3 / Atypical PKC isotype-specific-interacting protein / ASIP / Atypical PKC-specific- binding protein / ASBP


分子量: 9683.951 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain, PB1-like domain / 変異: V30D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Pard3, Par3 / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Z340

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1223D 15N-separated NOESY
133HNCO, HN(CA)CB, CBCA(CO)NH
1443D 13C-separated NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM unlabelled Par3 V13D NTD; 100mM sodium chloride; 99.9% D2O99.9% D2O
21mM uniformly 15N labelled Par3 V13D NTD; 100mM sodium chloride; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
31mM uniformly 15N/13C labelled Par3 V13D NTD; 100mM sodium chloride; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
41mM uniformly 15N/13C labelled Par3 V13D NTD; 100mM sodium chloride; 99.9% D2O99.9% D2O
試料状態イオン強度: 100mM sodium chloride / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1Brunger, A.T.構造決定
CNS1.1精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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