[日本語] English
万見
- PDB-2nr9: Crystal structure of GlpG, Rhomboid Peptidase from Haemophilus in... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nr9
タイトルCrystal structure of GlpG, Rhomboid Peptidase from Haemophilus influenzae
要素Protein glpG homolog
キーワードMEMBRANE PROTEIN / intramembrane peptidase / rhomboid protease
機能・相同性
機能・相同性情報


rhomboid protease / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Rhomboid-like fold / Rhomboid-like / Peptidase S54, rhomboid domain / Rhomboid family / Rhomboid-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PA6 / 3,6,12,15,18,21,24-HEPTAOXAHEXATRIACONTAN-1-OL / Rhomboid protease GlpG
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Lemieux, M.J. / Fischer, S.J. / Cherney, M.M. / Bateman, K.S. / James, M.N.G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2007
タイトル: The crystal structure of the rhomboid peptidase from Haemophilus influenzae provides insight into intramembrane proteolysis.
著者: Lemieux, M.J. / Fischer, S.J. / Cherney, M.M. / Bateman, K.S. / James, M.N.G.
履歴
登録2006年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protein glpG homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0676
ポリマ－22,1411
非ポリマー1,9265
水1,11762
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: Protein glpG homolog
ヘテロ分子

A: Protein glpG homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,13412
ポリマ－44,2822
非ポリマー3,85210
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area8490 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area19690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.288, 35.047, 52.931
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.02, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Protein glpG homolog / GlpG / Rhomboid peptidase


分子量: 22140.916 Da / 分子数: 1 / 変異: K2E, L24I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
株: 86-028NP / 遺伝子: glpG / プラスミド: pBAD-MycHisA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top10 / 参照: UniProt: P44783, rhomboid protease
#2: 化合物 ChemComp-PA6 / (R)-2-(FORMYLOXY)-3-(PHOSPHONOOXY)PROPYL PENTANOATE / PHOSPHATIDIC ACID


分子量: 284.200 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H17O8P
#3: 化合物 ChemComp-PQE / 3,6,12,15,18,21,24-HEPTAOXAHEXATRIACONTAN-1-OL / ANAPOE-C12E8


分子量: 536.782 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H60O8
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.09 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 25% PEG4000, 0.1M Citrate, pH 6.0, 0.8M Ammonium Acetate, 15% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月14日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 12949 / Num. obs: 12248 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル最高解像度: 2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / % possible all: 93.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
Blu-Iceデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2IC8

2ic8


解像度: 2.2→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 11.003 / SU ML: 0.14 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.397 / ESU R Free: 0.279 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29535 513 4.8 %RANDOM
Rwork0.23282 ---
all0.23591 10147 --
obs0.23591 10147 94.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 67.424 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.27 Å20 Å20.16 Å2
2--0.14 Å20 Å2
3---0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1529 0 128 62 1719
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0221732
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9922.0182318
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.5865191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg23.21923.28467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.50115264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.835154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2256
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021190
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2880.3939
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3440.51183
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2290.5128
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4060.355
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3270.55
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2692978
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9631543
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0712851
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.1993775
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 33 -
Rwork0.241 733 -
obs--94.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.14861.84513.82752.45044.481711.6729-0.0388-0.3133-0.26530.2537-0.15740.25860.2963-0.62210.1962-0.0255-0.02360.0305-0.1125-0.02760.0312-35.276-10.29128.521
25.45642.5565-2.32884.7541-1.154.2152-0.13410.63660.1683-0.24960.1446-0.0456-0.2296-0.2895-0.0105-0.0243-0.0138-0.0444-0.02580.0022-0.1319-28.74-2.50512.245
33.63772.02932.3762.50373.99556.8685-0.2552-0.3108-0.59590.2959-0.0150.1070.45850.24810.27020.00560.01520.0362-0.1780.03280.0365-25.588-13.90931.304
45.0282-0.3076-3.12720.02760.43898.8908-0.1210.19390.03890.021-0.01710.0837-0.18170.06970.13810.0216-0.0249-0.0281-0.1150.0033-0.0396-18.941-2.88321.737
54.0287-0.02480.13430.0046-0.14024.3305-0.1485-0.1444-0.4135-0.2576-0.10580.13350.20630.44150.25430.00170.010.0129-0.06220.0378-0.0398-16.341-10.1630.154
65.1081-2.1035-4.74054.84562.56014.49230.02880.0294-0.39840.95270.24320.47972.4731.1238-0.27210.4052-0.06480.09240.40960.08240.1306-15.4-19.32729.48
70.56790.81790.57532.37692.62697.5816-0.0465-0.2711-0.2835-0.0259-0.01680.0743-0.24630.50480.0632-0.09-0.01940.0180.10230.0069-0.1398-10.031-2.30636.815
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA4 - 284 - 28
2X-RAY DIFFRACTION2AA29 - 6129 - 61
3X-RAY DIFFRACTION3AA62 - 8562 - 85
4X-RAY DIFFRACTION4AA86 - 11086 - 110
5X-RAY DIFFRACTION5AA111 - 133111 - 133
6X-RAY DIFFRACTION6AA134 - 166134 - 166
7X-RAY DIFFRACTION7AA167 - 195167 - 195

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る