PDB-2nq3: Crystal structure of the C2 Domain of Human Itchy Homolog E3 Ubiq...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2nq3

タイトル

Crystal structure of the C2 Domain of Human Itchy Homolog E3 Ubiquitin Protein Ligase

要素

Itchy homolog E3 ubiquitin protein ligase

キーワード

LIGASE / C2 DOMAIN / UBL CONJUGATION PATHWAY / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of protein deubiquitination / negative regulation of cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / ubiquitin-like protein transferase activity / negative regulation of defense response to virus / nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / protein K29-linked ubiquitination / T cell anergy / CXCR chemokine receptor binding / regulation of necroptotic process / positive regulation of T cell anergy ...regulation of protein deubiquitination / negative regulation of cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / ubiquitin-like protein transferase activity / negative regulation of defense response to virus / nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / protein K29-linked ubiquitination / T cell anergy / CXCR chemokine receptor binding / regulation of necroptotic process / positive regulation of T cell anergy / protein branched polyubiquitination / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / HECT-type E3 ubiquitin transferase / negative regulation of JNK cascade / arrestin family protein binding / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / negative regulation of type I interferon production / positive regulation of receptor catabolic process / ligase activity / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / ubiquitin-like protein ligase binding / protein K63-linked ubiquitination / protein monoubiquitination / ribonucleoprotein complex binding / protein K48-linked ubiquitination / protein autoubiquitination / Downregulation of ERBB4 signaling / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / regulation of cell growth / Degradation of GLI1 by the proteasome / Hedgehog 'on' state / NOD1/2 Signaling Pathway / receptor internalization / Regulation of necroptotic cell death / positive regulation of protein catabolic process / ubiquitin-protein transferase activity / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / cell cortex / ubiquitin-dependent protein catabolic process / early endosome membrane / cytoplasmic vesicle / defense response to virus / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / inflammatory response / symbiont entry into host cell / innate immune response / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Walker, J.R. / Avvakumov, G.V. / Xue, S. / Butler-Cole, C. / Finerty Jr., P.J. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The C2 Domain of Human Itchy Homolog E3 Ubiquitin Protein Ligase
著者: Walker, J.R. / Avvakumov, G.V. / Xue, S. / Butler-Cole, C. / Finerty Jr., P.J. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S.

履歴

登録	2006年10月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2nq3.cif.gz	73.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2nq3.ent.gz	54.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2nq3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/2nq3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/2nq3	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2fk9S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4whu-d 6thj-1 4qsq-d 6s4s-7 2d82-d 3p1f-1 6s4s-12 6thj-5 6s3y-8 4b9g-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (5) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (6) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (5) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (5) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (2) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (5)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (6)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (5)
#239 - 2019年11月
ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2)
類似性 (5)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (2)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (2)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Itchy homolog E3 ubiquitin protein ligase

ヘテロ分子

19.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.499, 82.499, 65.273
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-180- HOH
2	1	A-197- HOH

#1: タンパク質	Itchy homolog E3 ubiquitin protein ligase / Itch / Atrophin-1-interacting protein 4 / AIP4 / NFE2-associated polypeptide 1 / NAPP1 分子量: 19201.719 Da / 分子数: 1 / 断片: C2 Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITCH / プラスミド: p28a-LIC-TEV / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q96J02, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.16 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: The protein at 20 mg/ml was dissolved in 20 mM Tris-HCl, pH 8.0, 0.15 M NaCl, 5% glycerol, 2 mM DTT, and mixed 1:1 with well solution that was 20% PEG3350, 0.1 M bis-Tris, pH 6.0, 0.2 M ...詳細: The protein at 20 mg/ml was dissolved in 20 mM Tris-HCl, pH 8.0, 0.15 M NaCl, 5% glycerol, 2 mM DTT, and mixed 1:1 with well solution that was 20% PEG3350, 0.1 M bis-Tris, pH 6.0, 0.2 M NH4OAc, 1 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

結晶

マシュー密度: 3.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.16 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: The protein at 20 mg/ml was dissolved in 20 mM Tris-HCl, pH 8.0, 0.15 M NaCl, 5% glycerol, 2 mM DTT, and mixed 1:1 with well solution that was 20% PEG3350, 0.1 M bis-Tris, pH 6.0, 0.2 M ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年9月9日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→25 Å / Num. all: 24173 / Num. obs: 24173 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.7 % / R_sym value: 0.09 / Net I/σ(I): 29.2
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 10.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 1192 / R_sym value: 0.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2FK9

2fk9

解像度: 1.8→24.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 3.103 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.082
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19544	1233	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16194	-	-	-
obs	0.16352	22908	99.98 %	-
all	-	24145	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.203 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.05 Å²	0.03 Å²	0 Å²
2-	-	0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→24.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1063	0	1	128	1192

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	1086
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.6	1.968	1484
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.688	5	141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	45.758	27.143	42
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.904	15	202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	29.428	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.138	0.2	178
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	795
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	424
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.31	0.2	756
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.137	0.2	107
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.233	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.109	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.044	3	704
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.918	4	1130
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.75	5	433
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.91	7	354

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.219	93	-
R_work	0.229	1662	-
obs	-	-	99.94 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.0302	0.8144	-1.3993	2.1813	-0.8423	4.0457	-0.03	0.1213	0.3791	0.0735	0.0995	0.3265	-0.1086	-0.3623	-0.0695	-0.0043	0.0128	0.0061	-0.0005	-0.0019	0.0479	-4.7476	51.2025	-1.7644
2	2.8757	-2.1684	2.7125	3.1376	-3.1907	4.9909	-0.0607	0.0228	0.0621	-0.0219	0.0581	-0.0257	-0.0238	0.0417	0.0025	-0.0096	0.0027	-0.0034	0.0174	-0.0021	0.0302	10.7013	45.9064	6.5102
3	28.4733	-11.1477	-8.16	25.0976	12.2643	19.5583	-1.1022	-1.4005	-1.9434	1.9683	0.5934	-0.1359	1.9514	0.8148	0.5088	0.2214	0.1254	-0.0086	0.2078	0.082	0.1564	15.0925	30.4063	19.8682
4	15.2756	-4.0443	4.9826	1.0712	-1.2601	9.0568	0.0835	-1.454	-0.9794	0.323	0.3481	0.0616	1.2053	1.1572	-0.4315	0.1184	0.1863	-0.0414	0.2651	0.0887	0.1116	22.2211	25.4261	14.4267
5	1.47	-0.52	0.4742	0.7083	-0.3157	1.2456	-0.0288	-0.0566	-0.098	0.0369	0.0256	-0.031	0.0869	0.1433	0.0032	0.001	0.0256	0.0028	0.0084	0.001	0.035	11.8593	35.4708	4.8396
6	10.0504	-0.3368	2.5057	12.6818	-7.2492	16.1591	0.0244	-0.3027	0.1852	0.5276	-0.2612	-0.4397	-0.3866	0.8829	0.2368	-0.0384	-0.0011	-0.0032	0.0433	-0.0113	0.0088	17.0943	42.0949	7.6606
7	0.0402	0.1253	-0.2406	0.9671	0.2809	3.2894	-0.0815	0.2137	0.03	0.0475	0.0197	0.0047	0.0055	-0.1467	0.0619	0.0007	0.0034	0.0042	-0.004	0.0112	0.0276	-0.0852	46.6225	0.2019
8	15.0064	-10.1338	5.2611	13.6221	-4.7062	6.7814	0.0657	0.133	-0.8597	-0.0911	0.0595	0.6353	0.1851	-0.0608	-0.1252	-0.0158	-0.0082	0.0072	-0.0244	-0.004	0.0245	0.443	37.7041	6.8784
9	9.6615	-2.7325	-3.9895	13.5331	5.2141	6.5018	-0.1875	0.1418	-0.2266	-0.2448	0.2037	-0.6379	0.4886	0.4019	-0.0162	0.0404	0.035	0.0149	-0.0035	0.0166	0.0199	12.7666	27.8904	5.7548
10	15.3336	0.3113	-7.2604	7.4246	1.672	7.8648	-0.32	-0.1844	-0.9758	0.5258	0.1592	0.1394	0.5927	0.2679	0.1607	0.0365	0.0243	-0.0016	-0.0352	-0.0092	0.0709	13.9133	21.1489	2.2774
11	1.3436	-1.2663	-0.3157	2.3787	0.4193	1.1457	-0.0142	-0.0033	-0.0692	-0.002	0.0203	0.1005	-0.0249	-0.0209	-0.0061	0.0053	0.0025	0.0108	0.017	0.0125	0.0299	-0.743	43.3825	11.1462
12	15.0418	-5.4292	-2.0331	7.1304	1.0812	5.0603	0.1884	0.2719	0.7645	-0.0505	-0.078	-0.3518	-0.4651	0.066	-0.1103	0.0851	-0.0058	-0.0025	-0.0064	0.0141	0.0851	0.9374	57.8359	9.3459
13	1.659	0.7423	-0.3385	7.2097	-1.7491	2.6695	0.0014	-0.0201	-0.0404	0.2092	-0.0178	-0.0102	0.0579	0.0061	0.0164	0.0088	0.0091	0.0006	0.014	0.0052	0.0304	5.5641	41.8406	15.5027
14	0.9072	2.9066	7.1812	11.2173	31.9962	99.2569	-0.7147	0.1714	-0.6344	1.9614	-2.0153	-0.1819	5.6207	-3.7742	2.73	0.533	-0.2304	0.2432	0.1667	-0.093	0.0484	1.3842	26.394	18.3879
15	1.7394	0.7336	-0.578	7.9942	-3.6026	3.825	-0.0352	-0.1054	-0.0542	0.2581	0.0387	0.0846	-0.0544	0.0177	-0.0035	0.0187	0.0235	0.0063	0.0351	-0.0059	0.0409	8.1064	40.7123	14.3248
16	34.3151	-5.4519	-3.3009	6.1783	-0.0269	11.0631	0.1819	0.5394	1.3363	-0.0776	-0.1177	0.3188	-0.6355	-0.9424	-0.0641	0.0445	0.0269	-0.0099	-0.0388	0.0152	0.0413	-2.1268	56.6029	3.7621

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	13 - 20	31 - 38
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	21 - 27	39 - 45
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	28 - 33	46 - 51
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	36 - 40	54 - 58
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	41 - 63	59 - 81
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	64 - 67	82 - 85
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	68 - 77	86 - 95
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	78 - 82	96 - 100
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	83 - 87	101 - 105
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	88 - 92	106 - 110
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	93 - 109	111 - 127
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	110 - 115	128 - 133
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	A	116 - 124	134 - 142
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	A	125 - 130	143 - 148
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	A	131 - 139	149 - 157
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	A	140 - 145	158 - 163

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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