+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2npj | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | An unusual twin-His arrangement in the pore of ammonia channels is essential for substrate conductance | ||||||
![]() | Ammonia channel | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Membrane protein / Ammonia transport / Histidine mutant / AmtB | ||||||
機能・相同性 | ![]() ammonium transmembrane transport / ammonium channel activity / carbon dioxide transport / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lupo, D. / Winkler, F.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: An unusual twin-his arrangement in the pore of ammonia channels is essential for substrate conductance 著者: Javelle, A. / Lupo, D. / Zheng, L. / Li, X.-D. / Winkler, F.K. / Merrick, M. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 80.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 59.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 446.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 447.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44460.742 Da / 分子数: 1 / 変異: H318F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-ACT / | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.77 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 30% PEG 400, 0.1M SODIUM ACETATE, 0.2M AMMONIUM SULFATE, PH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 4.60 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月13日 |
放射 | モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.901031 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 36960 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 20.4 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / Mean I/σ(I) obs: 6.19 / Rsym value: 0.564 / % possible all: 100 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1XQF 解像度: 2→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 3.888 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.957 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→15 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
|