PDB-2npi: Clp1-ATP-Pcf11 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2npi

タイトル

Clp1-ATP-Pcf11 complex

要素

Protein CLP1
Protein PCF11

キーワード

TRANSCRIPTION / Clp1-Pcf11 complex / ATP binding / ternary complex

機能・相同性

機能・相同性情報

polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity / termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / termination of RNA polymerase II transcription, exosome-dependent / mRNA cleavage factor complex / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / mRNA 3'-end processing / termination of RNA polymerase II transcription / RNA polymerase II complex binding / mRNA binding / RNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Noble, C.G. / Beuth, B. / Taylor, I.A.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2007
タイトル: Structure of a nucleotide-bound Clp1-Pcf11 polyadenylation factor
著者: Noble, C.G. / Beuth, B. / Taylor, I.A.

履歴

登録	2006年10月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2npi.cif.gz	201.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2npi.ent.gz	158.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2npi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2npi_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2npi_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	2npi_validation.xml.gz	35.1 KB	表示
CIF形式データ	2npi_validation.cif.gz	48.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/2npi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/2npi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4c0h-2 4c0h-1 4c0b-1 4oi4-1 3p0b-d 3wwg-2 1ufa-d 6nn1-d 6mlw-d 5zru-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein CLP1

B: Protein CLP1

C: Protein PCF11

D: Protein PCF11

ヘテロ分子

130 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein CLP1

C: Protein PCF11

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein CLP1

D: Protein PCF11

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.967, 94.993, 181.404
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protein CLP1 分子量: 52295.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: CLP1 / プラスミド: pACYCDuet-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q08685
#2: タンパク質	Protein PCF11 / protein 1 of CF I 分子量: 12355.019 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 454-563 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 解説: co-expressed, recombinant material / 遺伝子: PCF11 / プラスミド: pACYCDuet-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P39081
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.49 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 12% PEG 8000, 0.1M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月10日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→20 Å / Num. all: 33184 / Num. obs: 29786 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / R_sym value: 0.112 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 2.95→3.08 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / R_sym value: 0.444 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
ADSC	QUANTUM	データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.95→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.872 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.817 / SU B: 41.679 / SU ML: 0.374 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.486 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.30332	1493	5.1 %	RANDOM
R_work	0.24757	-	-	-
obs	0.25042	28040	90.03 %	-
all	-	31052	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.048 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.46 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.83 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.95→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7225	0	64	148	7437

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	7455
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.094	1.975	10154
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.614	5	899
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.507	24.683	331
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.186	15	1294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.772	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	1157
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	5550
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.185	0.2	3460
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	5004
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.115	0.2	280
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.137	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.121	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.216	1.5	4613
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.339	2	7372
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.439	3	3226
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.659	4.5	2782
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.95→3.024 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.447	68	-
R_work	0.373	1264	-
obs	-	-	57.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.9655	-0.3595	0.7121	10.0322	2.5421	13.3527	-0.1877	0.7118	0.0504	-0.6878	0.1629	0.2439	-0.6093	-0.1816	0.0248	0.269	-0.0955	-0.0308	-0.188	0.1238	-0.2942	40.1939	27.6945	26.2549
2	1.2665	-0.2637	-0.8791	3.2818	1.4092	4.658	0.0075	0.0655	0.0639	-0.5659	-0.0914	0.2428	-0.4077	-0.3788	0.0839	-0.0792	0.0484	-0.0864	-0.192	0.0286	-0.1716	31.6676	23.1095	49.8356
3	4.5159	0.6975	-1.346	2.3179	0.0027	5.164	-0.2381	0.358	-0.5695	-0.1458	-0.0344	0.7471	1.6465	-1.0331	0.2725	0.3019	-0.257	-0.0177	-0.0361	-0.0751	0.0565	24.9366	-3.974	47.4878
4	8.6559	-0.3547	-0.5976	4.0337	-1.4393	9.2053	0.0429	-0.8614	0.0698	0.3353	-0.2351	0.0328	-0.2583	0.352	0.1922	-0.3161	0.0079	0.0563	-0.0337	-0.0352	-0.242	34.1134	26.4991	108.372
5	3.4813	0.1328	0.3994	0.9974	0.018	2.7584	-0.0438	-0.1681	0.3233	0.0207	-0.0502	0.0829	-0.2106	-0.2578	0.0939	-0.2258	0.0115	-0.0311	-0.193	-0.0185	-0.1508	39.0279	34.8124	84.716
6	2.9922	-0.6464	0.958	4.0479	-1.1626	4.7342	-0.2264	-0.118	0.7275	-0.0117	0.0408	-0.4356	-0.769	0.8881	0.1856	-0.1638	-0.1177	-0.0339	-0.0598	-0.0393	0.0767	63.8347	46.9532	88.9322
7	0.3742	0.5721	0.9863	12.3876	5.5381	11.3717	0.1076	0.4003	-0.0216	-0.0445	0.4719	-0.2892	0.5912	0.8036	-0.5795	-0.0771	-0.0114	0.0493	-0.125	0.0397	-0.2689	44.0371	7.6467	52.2999
8	7.6127	-0.6387	6.6153	1.3165	3.4716	18.5866	0.1687	-0.1945	-0.2727	-0.0536	-0.5215	-0.1016	0.7258	0.4961	0.3528	-0.2789	-0.0687	0.0771	-0.2019	-0.0191	-0.1898	57.2477	24.7092	86.1525

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	18 - 100	33 - 115
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	101 - 341	116 - 356
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	342 - 445	357 - 460
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	18 - 100	33 - 115
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	101 - 341	116 - 356
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	342 - 445	357 - 460
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	C	477 - 498	24 - 45
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	D	475 - 499	22 - 46

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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