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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nmu
タイトルCrystal structure of the hypothetical protein from Salmonella typhimurium LT2. Northeast Structural Genomics Consortium target StR127.
要素Putative DNA-binding protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / NESG X-Ray Q8ZM67 StR127 / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性PPC domain / Plants and Prokaryotes Conserved (PCC) domain / PPC domain profile profile. / Hypothetical protein, similar to alpha- acetolactate decarboxylase; domain 2 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / DNA binding / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Putative DNA-binding protein
機能・相同性情報
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kuzin, A.P. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Wang, H. / Nwosu, C. / Cunningham, K. / Ma, L.C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. ...Kuzin, A.P. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Wang, H. / Nwosu, C. / Cunningham, K. / Ma, L.C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the hypothetical protein from Salmonella typhimurium LT2. Northeast Structural Genomics Consortium target StR127.
著者: Kuzin, A.P. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Wang, H. / Nwosu, C. / Cunningham, K. / Ma, L.C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2006年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative DNA-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2231
ポリマ－17,2231
非ポリマー00
水1,36976
1
A: Putative DNA-binding protein

A: Putative DNA-binding protein

A: Putative DNA-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6683
ポリマ－51,6683
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area7570 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area14900 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)78.871, 78.871, 44.256
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

#1: タンパク質 Putative DNA-binding protein


分子量: 17222.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: STM3071 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8ZM67
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.67 % / 解説: The structure factor file contains Friedel pairs
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.8M K,Na-Tartrate, 0.1M Na-Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月11日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 28283 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 16.6 % / Biso Wilson estimate: 16.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 26.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
ADSCQUANTUMデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
COMO位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2HX0

2hx0


解像度: 1.8→37.14 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 110515.13 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: The Friedel pairs were used for phasing
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 1338 4.9 %RANDOM
Rwork0.185 ---
all0.185 27394 --
obs0.185 27394 95.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 59.9128 Å2 / ksol: 0.407711 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å20.67 Å20 Å2
2---0.16 Å20 Å2
3---0.33 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→37.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1038 0 0 76 1114
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.7
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 214 5.1 %
Rwork0.227 4015 -
obs--88.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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