PDB-2ndk: 20 lowest energy ensemble of dermcidin (DCD1L) NMR structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ndk

タイトル

20 lowest energy ensemble of dermcidin (DCD1L) NMR structure

要素

Dermcidin

キーワード

HYDROLASE / Dermcidin / antimicrobial / DCD1L

機能・相同性

機能・相同性情報

killing by host of symbiont cells / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / Antimicrobial peptides / monoatomic ion channel activity / defense response to fungus / peptidase activity / defense response to bacterium / lipid binding / proteolysis / RNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / distance geometry

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Tan, K.W. / Mok, Y.K.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural basis for the bacterial membrane insertion of dermcidin peptide, DCD-1L.
著者: Nguyen, V.S. / Tan, K.W. / Ramesh, K. / Chew, F.T. / Mok, Y.K.

履歴

登録	2016年6月29日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年10月16日	Group: Data collection / Experimental preparation / Structure summary カテゴリ: audit_author / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_spectrometer Item: _audit_author.name / _pdbx_nmr_sample_details.contents / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.3	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.4	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ndk.cif.gz	269.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ndk.ent.gz	225.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ndk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ndk_validation.pdf.gz	476.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ndk_full_validation.pdf.gz	608.9 KB	表示
XML形式データ	2ndk_validation.xml.gz	20.6 KB	表示
CIF形式データ	2ndk_validation.cif.gz	30.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/2ndk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/2ndk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2n85-d 2n7q-d 2el4-d 1fjk-d 1fjp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 26063

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#162 - 2013年6月ダームシジン (Dermcidin) 類似性 (6) #193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Dermcidin

4.83 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Dermcidin / Preproteolysin / Survival-promoting peptide / DCD-1 分子量: 4826.503 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 63-110 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCD, AIDD, DSEP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P81605, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素

#1: タンパク質・ペプチド

Dermcidin / Preproteolysin / Survival-promoting peptide / DCD-1

分子量: 4826.503 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 63-110 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCD, AIDD, DSEP / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P81605, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素

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実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	3D HN(CA)CB
1	3	1	3D CBCA(CO)NH
1	4	1	3D C(CO)NH
1	5	1	3D H(CCO)NH
1	6	1	3D 1H-15N NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] TRIS-1
試料	濃度: 1 mM / 構成要素: TRIS-1 / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]
試料状態	イオン強度: 0 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software

名称	開発者	分類
CNS	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	構造決定
CNS		精密化

精密化

手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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