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万見
- PDB-2n9r: Novel antimicrobial peptide PaDBS1R1 designed from the ribosomal ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n9r
タイトルNovel antimicrobial peptide PaDBS1R1 designed from the ribosomal protein L39E from Pyrobaculum aerophilum using bioinformatics
要素Antimicrobial peptide PaDBS1R1
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN
機能・相同性Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / Ribosomal protein L39e / Ribosomal protein L39e domain superfamily / Ribosomal L39 protein / cytosolic large ribosomal subunit / structural constituent of ribosome / translation / Large ribosomal subunit protein eL39
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Irazazabal, L.S.F. / Porto, W.F. / Alves, E.S.F. / Matos, C.O. / Hancock, R.E.W. / Haney, E. / Ribeiro, S.M. / Liao, L.M. / Ladram, A.S.F. / Franco, O.L.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Novel antimicrobial peptide PaDBS1R1 designed from the ribosomal protein L39E from Pyrobaculum aerophilum using bioinformatics
著者: Alves, E.S.F. / Matos, C.O. / Liao, L.M.
履歴
登録2015年12月3日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antimicrobial peptide PaDBS1R1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,1111
ポリマ－2,1111
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Antimicrobial peptide PaDBS1R1


分子量: 2110.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Designed from the ribosomal protein L39E from Pyrobaculum aerophilum using bioinformatics
由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: Q8ZTX6*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: Active against gram-positive and negative bacteria
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H TOCSY
1212D 1H-1H NOESY
1312D 1H-13C HSQC
1412D 1H-15N sfHMQC

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試料調製

詳細内容: 5 % TSP, 10 % D2O, 90 % H2O, 100 mM SDS, 30 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
5 %TSP-11
10 %D2O-21
90 %H2O-31
100 mMSDS-41
30 mMsodium phosphate-51
試料状態pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: Avance / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR_NIH2.28Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR_NIH2.28Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
QUEENNabuurs, Spronk, Krieger, Maassen, Vriend and Vuisterデータ解析
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurデータ解析
MolmolKoradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: In the final step was performed refinement in water
NMR constraintsNOE constraints total: 244 / NOE intraresidue total count: 175 / NOE long range total count: 0 / NOE medium range total count: 18 / NOE sequential total count: 84
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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