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万見
- PDB-2n9d: Structure analysis of the Tom1 GAT domain reveals distinct ligand... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n9d
タイトルStructure analysis of the Tom1 GAT domain reveals distinct ligand-specific conformational states
要素Target of Myb protein 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Tom1 / early endosomes / alternative ESCRT-0 member / cargo
機能・相同性
機能・相同性情報


myosin VI binding / substrate localization to autophagosome / regulation of endosome organization / clathrin heavy chain binding / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / autophagosome-lysosome fusion / positive regulation of autophagosome maturation / endosomal transport / azurophil granule membrane / clathrin binding ...myosin VI binding / substrate localization to autophagosome / regulation of endosome organization / clathrin heavy chain binding / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / autophagosome-lysosome fusion / positive regulation of autophagosome maturation / endosomal transport / azurophil granule membrane / clathrin binding / polyubiquitin modification-dependent protein binding / specific granule membrane / ubiquitin binding / endocytosis / protein transport / early endosome membrane / early endosome / endosome membrane / endosome / Neutrophil degranulation / Golgi apparatus / signal transduction / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Target of Myb protein 1 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #160 / GAT domain / GAT domain superfamily / GAT domain / GAT domain profile. / VHS domain / VHS domain / VHS domain profile. / Domain present in VPS-27, Hrs and STAM ...Target of Myb protein 1 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #160 / GAT domain / GAT domain superfamily / GAT domain / GAT domain profile. / VHS domain / VHS domain / VHS domain profile. / Domain present in VPS-27, Hrs and STAM / ENTH/VHS / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Target of Myb1 membrane trafficking protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
データ登録者Xiao, S. / Jeffrey, E.F. / Geoffrey, A.S. / Capelluto, D.G.S.
引用ジャーナル: Data Brief / 年: 2016
タイトル: Structure of the GAT domain of the endosomal adapter protein Tom1.
著者: Xiao, S. / Ellena, J.F. / Armstrong, G.S. / Capelluto, D.G.
履歴
登録2015年11月15日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.country / _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Target of Myb protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5011
ポリマ－11,5011
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 3000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Target of Myb protein 1


分子量: 11501.086 Da / 分子数: 1 / 断片: GAT domain (UNP residues 215-309) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TOM1 / プラスミド: PGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60784

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCO
1313D HN(CA)CB
1413D CBCA(CO)NH
1513D HCACO

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試料調製

詳細内容: 1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] GAT, 50 mM potassium chloride, 20 mM [U-2H] TRIS, 1 mM sodium azide, 50 uM DSS, 1 mM [U-2H] DTT, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMGAT-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
50 mMpotassium chloride-21
20 mMTRIS-3[U-2H]1
1 mMsodium azide-41
50 uMDSS-51
1 mMDTT-6[U-2H]1
試料状態イオン強度: 70 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
SparkyGoddardデータ解析
SparkyGoddard解析
CS-ROSETTAYang, S. et al.精密化
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 3000 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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