PDB-2n9a: 3D Structure of Decoralin-NH2 by Solution NMR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2n9a

タイトル

3D Structure of Decoralin-NH2 by Solution NMR

要素

Decoralin

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / antimicrobial peptides / leishmanicidal activity / membrane targeting peptides

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of mast cell degranulation / other organism cell membrane / defense response to protozoan / defense response to fungus / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Oreumenes decoratus (スズバチ)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

lowest target function, model1

データ登録者

Fadel, V. / Cabrera, M.P.S.

引用

ジャーナル: Chem Biol Drug Des / 年: 2017
タイトル: MD simulations and multivariate studies for modeling the antileishmanial activity of peptides.
著者: Guerra, M.E.R. / Fadel, V. / Maltarollo, V.G. / Baldissera, G. / Honorio, K.M. / Ruggiero, J.R. / Dos Santos Cabrera, M.P.

履歴

登録	2015年11月12日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月22日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.3	2023年6月14日	Group: Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2n9a.cif.gz	73.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2n9a.ent.gz	51 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2n9a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2n9a_validation.pdf.gz	436.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2n9a_full_validation.pdf.gz	559.8 KB	表示
XML形式データ	2n9a_validation.xml.gz	14.9 KB	表示
CIF形式データ	2n9a_validation.cif.gz	15.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/2n9a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/2n9a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1p9f-d 1ieo-d 2n0e-d 6rro-d 2evq-d 1le1-d 2md2-d 2ldc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25898

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Decoralin

1.26 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 40	target function
代表モデル	モデル #1	lowest target function

#1: タンパク質・ペプチド	Decoralin 分子量: 1256.603 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Oreumenes decoratus (スズバチ) / 参照: UniProt: P85870
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H COSY
1	2	1	2D 1H-1H TOCSY
1	3	1	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 2.65 mM Decoralin-NH2, trifluoroethanol/water / 溶媒系: trifluoroethanol/water
試料	濃度: 2.65 mM / 構成要素: Decoralin-NH2-1
試料状態	pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
UNIO_10	2.0.2	Herrmann	構造決定
CNS		Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	精密化
GROMACS		van der Spoel, van Buuren, Apol, Meulenhoff, Tieleman, Sijbers, Hess, Feenstra, Lindahl, van Drunen, Berendsen	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 126 / NOE intraresidue total count: 57 / NOE medium range total count: 30 / NOE sequential total count: 39

代表構造

選択基準: lowest target function

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum upper distance constraint violation: 0 Å

NMR ensemble rms

Distance rms dev: 0.012 Å

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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